微生物由于结构简单、繁殖快等特点，因此，它们在地球上分布远比动植物要广泛得多。
1.微生物在土壤中的分布：
土壤是微生物生活的最适环境。在土壤中分布着形形色色的微生物类群。
土壤具有微生物生命活动所必需的一切营养物质和适宜的生活条件， 土壤中的水分是一种浓度很稀的盐类溶液，其中含有各种有机和无机氮素及各种盐类、微量元素、维生素等，类似于常用的液体培养基。土壤大多是中性偏碱，适宜于大多数微生物生长，土壤中还含有气体，主要是CO2、O2和N2。大部分地区土壤温度的变化在0-30℃之间，并且在一年的大部分时间内其温度变化在10-25℃，为微生物的生长繁殖提供了有利条件。 土壤中含有大量固形有机物和矿质元素，是微生物的营养库。
土壤中微生物可以分为如下几类：
①细菌：占土壤微生物总数的70�90%，多数为腐生菌，少数是自养菌。
②放线菌：占土壤中微生物含量的5�30%，是一类异好氧菌。
③霉菌：主要生活在靠近地面的土壤中，在通气良好的土壤中，霉菌数量很多。
④酵母菌：普通作土中酵母菌含量很少。
另外，作土中还分布有许多藻类及原生生物等。
2.微生物在水中的分布
水具有微生物生命活动适宜的温度、PH、氧气等。因此，水中生长着众多的微生物类群，它们主要来源土壤、空气、动植物尸体、人和动物的排泻物、工业及生活污水。
水中存在的微生物90%为革兰氏阴性菌，主要有弧菌、假单胞菌、黄杆菌等。鞘细菌及有柄附生细菌也常见于水体中。 微生物在水体中表现为水平分布和垂直分布的规律。此外，相同水域的不同浓度微生物的含量及分布也不同。
通过水体传播的病原微生物主要有沙门氏菌属、志贺氏菌属、霍乱弧菌等。因此，做好水的卫生学检查至关重要。
3.微生物在空气中的分布:
空气本身缺乏微生物生活所必需的营养物，日光对微生物也具有很强的杀菌作用，另外空气一般是干燥的，因此空气不是微生物生活的良好环境。
空气中的微生物主要来源于带有微生物菌体及孢子的灰尘，这类微生物大多数是腐生性的，还来源于人和动物，它们大多数是通过呼吸道排出的，其中也包含有病原微生物，悬浮在大气中。
空气中微生物的分布随环境条件及微生物的抵抗力不同而呈现不同的分布规律。空气中存在较多的、存活时间较长的是各种真菌、放线菌的孢子及细菌芽胞。空气中微生物的数目决定于尘埃的总量。
