仪器的保养
保持光学元件的清洁对于保证好的光学性能来说非常重要，当显微镜不用时，显微镜应当用仪器提供的防尘罩盖住。若光学表面及仪器有灰尘和污物，在擦清表面前应当先用吹气球吹去灰尘或用柔软毛刷去污物。
光学表面应当用无绒棉布，擦镜纸或用专用的镜头清洁液沾湿的棉花签来清洁。请避免使用过多的溶剂，擦镜纸或棉花签应恰当沾湿溶剂但不要因为使用太多溶剂而渗透到物镜内，造成物镜清晰度下降及物镜损坏。
显微镜中目镜物镜的表面镜头最容易受到灰尘和污物及油的粘污，当发现衬度、清晰度降低，雾状发生时，则需要用放大镜仔细检查目镜，物镜前面镜头的状况。
低倍物镜有相当大的前组镜片，能用缠在手指上的棉布或棉签及擦镜纸上用乙醇沾湿来擦拭。40X、100X需多加小心地用放大镜仔细检查。高倍镜中为了达到高的平坦度，应用了一个有小曲率半径凹面的前组镜头，在擦拭这组镜头时用带有棉球的牙签或棉花签清洁。擦拭镜头表面要轻。不要过度用力和有刮擦动作，并确信棉签触到镜头的凹面。在清理后用放大镜检查物镜是否损伤，如果必须要去开观察镜筒，小心不要接触到镜筒下面的外露镜头，镜头表面如有手指印会降低成像的清晰度，用清洁物目镜的方法进行擦拭。
当显微镜使用100X油镜使用完时，请及时将油镜表面擦拭清楚并检查40X物镜是否沾上油，如有请及时擦清。使显微镜始终保持成像清晰。
仪器的维护
使用防尘罩是保证显微镜处于良好机械和物理状态的最重要的因素。显微镜的外壳如有污迹，能用乙醇或肥皂水来清洁（无用其他有机溶剂来清洁），但切勿让这些清洗液渗入显微镜内部，造成显微镜内部电子部件的短路或烧毁。
保持显微镜使用场地的干燥，当显微镜长期工作在湿度较大的环境中，还是容易增加霉变的几率，因此如显微镜不得不工作在这些湿度较大的环境中，建议使用去湿机。另外，如发现光学元件表面有雾状，霉斑等不良情况时，请立刻联系专业人士，对您的显微镜进行专业维护保养。
仪器保养注意事项
采取下列措施，或许能更好的延长您的显微镜使用时间并使之保持良好的工作状态。
（1）每次关闭显微镜电源前，请将显微镜灯光调至最暗。
（2）关闭显微镜电源后，请等灯箱完全冷却后（约15分钟后），在罩上显微镜防尘罩。
（3）开启显微镜电源后，若暂时不使用，可以将显微镜灯光调至最暗，而无需频繁开关显微镜电源。
显微镜工作一年后，应每年至少做一次的专业维护保养。
仪器日常使用注意事项
1.搬动显微镜时，要一手握镜臂，一手扶镜座，两上臂紧靠胸壁。切勿一手斜提，前后摆动，以防镜头或其他零件跌落。
2.观察标本时，显微镜离实验台边缘应保持一定距离(5cm)，以免显微镜翻倒落地。镜柱与镜臂间的倾斜角度不得超过45度，用完立即还原。
3.使用时要严格按步骤操作，熟悉显微镜各部件性能，掌握粗、细调节钮的转动方向与镜筒升降关系。转动粗调节钮向下时，眼睛必须注视物镜头。
4.观察带有液体的临时标本时要加盖片，不能使用倾斜关节，以免液体污染镜头和显微镜。
5.粗、细调节钮要配合使用，细调节钮不能单方向过度旋转，调节焦距时，要从侧面注视镜筒下降，以免压坏标本和镜头。
6.用单筒显微镜观察标本，应双眼同时睁开，左眼观察物像，右眼用以绘图，左手调节焦距，右手移动标本或绘图。
7.禁止随意拧开或调换目镜、物镜和聚光器等零件。
8.显微镜光学部件有污垢，可用擦镜纸或绸布擦净，切勿用手指、粗纸或手帕去擦，以防损坏镜面。
9.凡有腐蚀性和挥发性的化学试剂和药品，如碘、乙醇溶液、酸类、碱类等都不可与显微镜接触，如不慎污染时，应立即擦干净。不要任意取下目镜，谨防灰尘落入镜筒。
10.使用油镜观察样品后，随即用二甲苯将油镜镜头和载波片擦净，以防其他的物镜玻璃上沾上香柏油。二甲苯有毒，使用后马上洗手。
11.实验完毕，要将玻片取出，用擦镜纸将镜头擦拭干净后移开，不能与通光孔相对。用绸布包好，放回镜箱。切不可把显微镜放在直射光线下曝晒。
