蜂蜜质量改变的原因很复杂，各种成份在一定的条件下，可能发生某些物理、化学变化。例如蔗糖可分解为葡萄糖和果糖，这种变化是有益的。然而，随之还会有进一步的变化，葡萄糖和果糖经过分解作用，可产生醇，再经过氧化作用便可生酸。葡萄糖和果糖经过脱水作用，还可以产生(羟甲基糠醛已被列入质量指标)。这些都对保鲜不利。不仅糖类，蜂蜜里的各种成份，在一定的温度下，一定的时间内都有可能分别出现分解、化合、氧化、还原凝聚、挥发……等各种现象。这些变化的产生改变了蜂蜜原有的天然成份。如ATALLH等研究发现，在室温(25℃土2℃)贮存一年的三叶草蜜样品，氨基酸的总量减少。两个地区的样品分别减少66.21％和57．655％。TVANOV等研究发现，洋槐蜜在15℃-25℃贮存4和12个月，淀粉酶活性下降2.5％和34．5％，总酸度增加。蜂蜜自身的变化是缓慢的，逐渐地进行，而一旦在蜂蜜里有了微生物繁殖，情况就可能更严重。TATEO的研究报道中指出，蜂蜜里的糖类、有机酸、氨基酸、多酚、挥发性成份都会因耐高渗酵母菌的作用而减少。
蜂蜜里发生的变化，有些并不能通过感官来鉴别，最常遇到的，可以通过感官鉴别的蜂蜜出现酸味的问题。
不同品种的蜂蜜，酸度并不一样。一般酸度在3以下口尝不会发现酸味，酸度超过4便会有酸味。有些口尝发现较严重酸味的蜜，其成份可能已经发生了变化。已经不是新鲜蜂蜜。
倘若于6月份购入蜂蜜，在普通仓库里贮存，至10月份，有些容器中的蜜可能出明显的酸味，这并不奇怪。因为现在生产的蜜，有些含水份较多，7、8、9月份气温较高，蜂蜜成份发生变化，尤其是微生物繁殖，以致蜂蜜的含酸量增加，就可能使蜜味改变。如果贮存到次年6月，甚至继续贮存下去，蜂蜜的酸度必然会继续增加。严重的可成为酸败蜜。酸败蜜已失去蜂蜜原有的风味，而代之以酸味和其它异味。蜂蜜与众多营养保健品相比，味美是其特点之一。一旦变成酸败蜜，不但营养、保健效果受损，丧失天然风味，酸败蜜中的某些成份还可能对人体不利。因此，改善蜂蜜的贮存方法至为重要。
关于蜂蜜的贮存和保鲜，已有许多科学研究报道。例如，KAUSHIK研究了不同时间、温度贮存的蜂蜜，以及加入偏亚硫酸氢钾对蜂蜜的影响。对蜂蜜里可溶性固体总量、酸度等进行了测定。文章提到，贮存6个月的蜂蜜酸度由2.27增到3.05，经过加热60℃，加入偏亚硫酸氢钾后，储存温度对可容性固体总量和酸性没有影响。未经加热的蜂蜜微生物含量最高(6．5×102菌落)，经过加热，在5℃贮存的蜂蜜微生物含量最低。又如，TATEO经过对峰蜜贮存的研究以后，建议蜂蜜应在10℃以下贮存，经过巴氏杀菌的蜜可在18—24℃贮存。
参考各项研究结果，可见蜂蜜的贮存温度是关键之一。在低温条件下，水溶液中的各种化学反应速度可能减低，有些甚至可能停止，有利于保持其原有的新鲜状态，同时，低温条件可抑制某些微生物的生长和繁殖，减少或杜绝发酵现象。
根据这些情况，蜂蜜自摇取后，就应低温保存。成批蜂蜜最好贮存在低温仓库。如要对蜂蜜进行脱水、杀菌处理，最好提前进行。经过杀菌、脱水的蜂蜜更耐贮存。对蜂蜜进行保鲜贮存，有可能增加成本。但是，如果能优质、优价或薄利多销，对经营者仍为有利。对消费者，虽可能付出稍高的价格，但可买到优质蜜，味道好，营养保健效果好。应积极研究、发展蜂蜜保鲜贮存办法。