1.生长减慢，植株较弱
根系吸收水分和养分需要能量，土壤水分过多使根系周围缺氧，只能进行无氧呼吸，能量转换效率降低，不能提供足够的能量供给根系吸收水肥的需要。因此，玉米受涝时根系吸收的水分很少，在晴天中午前后，叶片发生萎蔫，光合作用减弱，制造的有机物质减少。另一方面，根系吸收的营养物质也因能量供应不足而大大减少。这就使玉米的生长缺少必要的物质基础，表现为生长缓慢，植株软弱。
2.叶片发黄，茎秆变红
玉米的氮素营养主要来源于溶解在水中的硝态氮和铵态氮及有机质中的有机氮。当受涝时，前者一部分被流失，另一部分会经反硝化作用而还原为气态氮而跑到大气中去。另一方面，由于缺乏氧气，土壤中好气性微生物无法分解有机物质，所以有机质中的氮素也就不能转化为根系可吸收的速效氮。由于这两方面的原因，受涝地块土壤中速效氮含量很低，玉米由于吸收不到足够的氮素，叶片变黄。为了增强对这种不利环境的抵抗能力，茎秆中的叶绿素转变成花青素，呈现紫红色。
3.根系发黑、腐烂
在受涝土壤中，由于缺乏氧气，嫌气性微生物活动加强，有机质发酵分解，大量积累二氧化碳，会使根系细胞受害。同时土壤氧化还原电势下降，有害的还原物质硫化氢、氧化亚铁等大量出现，都会使根系受害。受害比较轻的表现为部分根系变黑，重的全部变黑、霉烂，以至整个植株死亡。
涝害常与寡照同时发生，低温、寡照与涝害相结合，对玉米危害比较重，并且常常诱发病害蔓延，使玉米减产。
农田积水，但天气晴朗，太阳辐射强烈，温度剧烈上升时，蒸腾加强，叶片很快发生萎蔫；土壤中嫌气性微生物活动加剧，根系受害加重，所以高温强光的涝害对玉米的危害比较严重。
不同品种和不同生育阶段抗涝能力不同。苗期抗涝能力弱，广东春种玉米是春季播种，苗期正值阴雨连绵季节和夏种玉米苗期常遭遇持续大雨至暴雨，故常常发生涝害和湿害。据研究，七叶前土壤含水量达到田间持水量的90%(相当于壤质土的土壤湿度23%)时，玉米开始受害。土壤水分处于饱和状态时，玉米根系受到严重损伤，生长停止。土壤积水，根系腐烂，地上部变红，下部叶片枯死，时间过长则全株死亡。拔节后抗涝能力逐渐增强。抽雄前后抗涝能力进一步增强，这时近地面的茎节上长出几层气生根，有很好的抗涝作用。据有关部门试验，抽雄前淹水三天，气生根很快喷出，平均每株气生根增加27.5m，植株基本无受涝症状。成熟期根系衰老，抗涝能力降低。