荸荠秆枯病是一种毁灭性病害，受害植株茎秆枯死、倒伏，地下部不结球茎或球茎小。
荸荠秆枯病可以危害荸荠叶鞘、茎秆、花器等部位。叶鞘受害，发病初期叶鞘基部出现暗绿色不规则水渍状病斑，以后很快扩展到整个叶鞘，病部干燥后呈灰白色，其上着生黑色条点（病菌分生孢子盘）。茎秆受害，初期出现水渍状不规则病斑，后期病斑上着生黑色条点，湿度大时产生浅灰色霉层，病茎组织变软，病部凹陷，植株易倒伏。花器受害，多发生在鳞片或穗颈部，使花器枯黄，湿度大时病部可见灰白色霉层。
荸荠秆枯病以菌丝体和分生孢子盘随病残体在土壤中或球茎上越冬，次年4月从气孔或直接穿透表皮侵入危害，借风雨或灌溉水传播。早栽的荸荠在8月初开始发病，8—9月是发病盛期；晚栽的荸荠在8月底9月初开始发病，特别是“白露”后遇连续大雾天气，可成片蔓延发病。荸荠生长期气温在17～29℃时，遇连续阴雨或浓雾、露水重的天气易发病。用病株球茎留种或重病田连作，发病早且重。此外，种植过密，田间通透性差；早期偏施氮肥，缺乏磷钾肥，植株柔弱等会加重病情。不同品种间抗病性有差异，一般大红袍比苏荠、桂林马蹄等品种抗病性强。
防治荸荠秆枯病措施：一是选用抗病品种。老病区可选用番瓜荠、大红袍等较抗病的品种，并注意选用无病球茎或轻病田的球茎作种。二是与茭白、莲藕等水生蔬菜或旱生蔬菜实行3年以上轮作。在荸荠老产区，轮作是最经济有效的防控措施。三是加强田管。最好做到排灌水分开管理，避免串灌或漫灌；及时拔除病株并烧毁；适当增施钾肥，提高植株抗病能力；收获后及时清除病残体。四是苗前处理。育苗前将种球茎放入50％多菌灵可湿性粉剂500～800倍液或70％甲基硫菌灵可湿性粉剂800～1000倍液中浸泡18～24小时消毒。定植前将苗放在上述药液中或用50％醚菌酯悬浮剂2000～3000倍液齐腰浸泡3～5小时。五是药剂防治。荸荠封行前，用50％醚菌酯悬浮剂3000～4000倍液喷雾预防，隔15天再喷一次。发病初期每5天喷一次药，病情控制住以后隔10天喷一次，可用40％多·酮可湿性粉剂800～1000倍液，或50％咪鲜胺可湿性粉剂1000～1200倍液，或70％甲基硫菌灵可湿性粉剂800～1000倍液，或70％丙森锌可湿性粉剂500～600倍液等交替喷雾。暴雨来临前要喷药保护，雨后要及时补喷，重点保护新生茎叶。