繁育无病毒苗木必须建立无病毒采穗圃。无病毒采穗圃包括品种和砧木采穗圃，即由无毒材料经组培扩繁再培育成自根苗栽植建成。一般要求5-7年更新一次，所以科技含量高、投资成本大，且短期经济效益不显著。采用动态管理方式对采穗圃进行管理可大大提高苹果无病毒采穗圃的经济收益。
一、苹果无病毒采穗圃的建立
1、选址
应选择5年内未栽植过果树及苗木的熟地。最好前茬是豆类或麦地，土层深厚，土质疏松，有灌溉条件。远离常规果树或苗木种植区（苹果类50m以上，梨类100m以上），交通便利，距离无毒苗圃较近，能满足苗木生产规模的田块。
2、规划
（1）做好采穗圃排灌系统及田间道路的整体规划。
（2）在667平方米产优质种条1万根的前提下，依据砧木类型和栽植密度的不同，在不同的区域内进行规划。
（3）土壤改良。前期必须增施有机肥，每667平方米不低于2500kg。采穗圃一般分两种，一种是栽植群体多，接穗产出早，产量高，不做复检，5年一次更新；另一种栽植群体少，接穗产出迟，5年后进行复检，逐步更新。
（4）确定临时株（间伐苗）和永久株（采穗圃母株），栽植密度及动态管理方案并绘制出采穗圃各类砧木类型的数量及分布示意图。
3、采穗圃的材料来源
（1）各类砧木的无病毒种苗必须来自科研院所或有资质的国家单位。
（2）栽植前要明确记载各砧木名称（包括外文名称）、品系、母株株系来源、病毒检测单位及时间。
（3）按不同砧木类型成畦栽植，将每一类型进行编号，按示意图栽植，做好标记，不得混杂。
二、采穗圃的初期动态管理
第一年种苗一般长1根接穗，第二年种苗一般控制到2-3根接穗，头两年采穗圃产量低不能充分利用土地。通过前期加大栽植密度，利用临时株达到充分利用土地生产苹果无病毒自根砧苗和无病毒接穗。第一年就可达到生产接穗1万根的目的，第二年就可实现5000株/667平方米（无病毒苗木）的收益。
1、根据不同砧木，确立栽植密度。
一般极矮化砧密度最大，定植株行为0.2×0.3m；矮化砧定植株行距密度0.3×0.4m；实生砧定植密度0.4×0.4m。确定采穗圃永久株（采穗母株）和临时株（准备间伐）。隔一行定为永久行，永久行隔一株定为永久株，其余为临时行和临时株。3年间伐最终每667平方米保留700—800株。
2、临时株（无病毒自根苗）管理方式。
（1）第一年管理方式。早春新栽砧苗，待高度长到50cm以上时（7-8月），临时行和临时株全部嫁接品种，生产苗木（嫁接高度离地20cm处，采用带木质芽接）。秋季苗木进入休眠期后，离地30cm平茬并收集接穗。挖除永久行中的临时株（自根砧无病毒芽苗）并及时假植，作为采穗圃第一步间伐。
（2）第二年管理方式。
①栽植、放芽。第二年春季将假植苗按0.2×0.4m株行距，挖通行进行栽植，并及时灌水。灌水10天后平茬放芽。平茬方式，紧贴嫁接芽剪成斜面，便于伤口全面愈合。
②平茬放苗。早春将临时行嫁接苗就地平茬放芽。待秋季苗木进入休眠期后起苗。作为采穗圃第二步间伐。
3、采穗圃产穗期的长效管理。
（1）及时平茬。采穗圃要每年平茬，保持种苗从基部萌生枝条的能力及枝条充足的营养供给。
①平茬时间。早春新栽的种苗，高度不足50cm，一般不动生长点。二年生以上的采穗圃，平茬和收集接穗同时进行，于早春1-2月即可，不能太晚。因为平茬过晚，气温逐渐回升，树液开始流动，所采接穗不易保存。
②平茬高度。不同砧木其生长特性不同，平茬高度略有不同。M7不定芽萌芽力强，发枝多，枝条细软，平茬高度要低于5cm；M26、M9、JM7根蘖少，枝条生长旺，平茬高度要适当提高到35-40cm；青苔3号、实生砧根蘖少，腋芽发枝多，平茬高度可控制在20-30cm，单枝干可生产接穗5-7根。
③平茬及疏枝数量。三年生以上的矮化砧在平茬时要疏除基部枝条。一般单株留枝量3-5个，留得太多，容易造成枝条密闭，影响接穗芽体健壮生长。
（2）对发枝量大的砧木，及时疏除多余的小枝，一般一年生母株发枝量保留2个，二年生母株单枝干保留3-4个，三年生以上母株单枝干留5-7个。
（3）加强肥水管理（多施农家肥配施化肥，化肥以磷钾肥为主，控制氮肥施入量）防止枝条旺长、徒长，注意中耕除草及病虫害防治，确保种苗生长健壮整齐。
（4）注意观察各类型砧木采穗圃的生长情况，及时去杂。凡发现母株显性病毒症状，应立即拔除。
（5）修剪中要做到工具专管专用，及时消毒，避免交叉使用重复感染。
（6）5年随机抽样进行潜隐性病毒检测一次，一旦发现病毒症状，应立即淘汰。