食用菌具有很高的营养价值，自古以来被人们列为菜中佳品。食用菌细胞中最主要的有机物是蛋白质、核酸、碳水化合物和脂类。特别是含有人体自身不能合成的氨基酸。干菇蛋白质的含量15％～45％，脂肪仅2％，具有高蛋白、低脂肪的特点。1公斤蘑菇所含蛋白质，相当于2公斤瘦肉。 3公斤鸡蛋或12公斤牛奶的蛋白质含量。食用菌中还含有某些稀有或特有氨基酸以及含氮化合物，对菇类风味形成有重要作用，还能刺激人们的食欲。食用菌还含有多种维生素，每百克鲜菇中含维生素C为206.27毫克，而每百克番茄中含有维生素C才12毫克。富含维生素C的蔬菜尖头辣椒其含量也只有76～185毫克。每克干菇中的维生素D原含量为128—400个国际单位（1个国际单位的维生素D原=0.05微克的麦角留醇），这个含量是大豆的21倍，紫菜的8倍，甘薯的7倍。一般正常人每天需要的维生素D原是400个国际单位，3～4克香菇就足够了。而维生素D是钙质成骨的必要因素，多吃菇类，可防软骨病。最近研究报道，菇类还含有具生理活性的矿质元素，以磷、钠、钾含量最高，其次为钙和铁。我国膳食构成一般缺铁，多食含铁量高的香菇、木耳，对老龄人特别有益。银耳含有的磷有助于恢复和提高大脑功能。香菇里含有的钾可中和进食肉类产生的酸。随着人们认识的深入和食用菌栽培业的发展，菇类的可口风味及营养必将普惠于广大劳动人民，而成为人类新的粮食来源之一。
食用菌药用价值也很高。许多菌类既是美味佳肴，又是珍贵良药。我国利用大型真菌作为药物历史悠久，如汉代的《神农本草经》及以后的本草学著作均有记载。香菇能"益气不饥，治风破血"，木耳有润肺和消化纤维素的作用。银耳有提神生津、滋补强身的作用。马勃菌在新鲜时可炒食， 老熟时可止血、治疗胃出血等症。青头菌能"泻肝经之火，主治眼目不明"。香菇的药效也鲜为人知，能降低血中胆固醇，能增强机体对肿瘤细胞的免疫力。近年来我国医药工作者更是倾注于认真菌资源中挖掘新药物。如上海研制的"猴头菌片"、"蜜环片"、亮菌糖浆"、"健肝片"等，都在临床上发挥了很好疗效。现代发现灵芝对慢性气管炎、高山病。急慢性肝炎，以及被认为不治之症的进行性肌营养不良均有一定疗效。在许多方剂中，茯苓是著名滋补性食品。雷丸含有溶蛋白酶，可作为驱虫剂。从云芝中提取的蛋白多糖体（PSK），能增强机体免疫能力，临床上已作为抗癌药物应用。用蘑菇预煮液制成药物，对医治迁延性肝炎、慢性肝炎、肝肿、早期肝硬变均有显著疗效。在蘑菇、香菇的提取液内，还发现了一种干扰素诱导剂，具有很强抗病毒能力， 类似这些菌类约200种之多，是很有希望的药物。有百余种大型真菌具有抗肿瘤活性，主要成分是真菌多糖。这些化合 物虽不能直接杀伤肿瘤细胞，但能刺激抗体形成，从而调整和提高机体的免疫功能。
食用菌作为系列产品开发，其前途广阔。有些地方用金针菇作成了"金菇饮料"；有人把菌类添加于各类糕点，如 "茯苓夹饼"。用灵芝等菌制成的盆景，更是栩栩如生，如泾阳真菌研究所采用生物学技术造型与传统盆景工艺相结合，制作的灵芝盆景，已成为一种新开发的创汇产品。用菌类盆栽或插瓶，作为一种家庭观赏真菌来代替花卉，其市场广阔。山区有些农民用一种鲜蛤蟆菌子实体能诱杀苍蝇，因为此菌含有使苍蝇神经麻痹的毒素。硫磺菌也具有类似作用，把硫磺菌子实体晒干后，放在室内焚烧，可以驱除蚊、蚋、蠓等害虫。国外用大孢伏草菌制成片剂是一种有特殊用途的生物防治剂，能防止多年层孔菌危害森林。还可使伐木后遗留的树桩、暗根两年内清除。许多大型真菌的代谢产物均有重要经济价值。如云芝，变色多孔菌产生的漆酶能提高生漆的质量，乳菇属的一些种类能合成橡胶物质，变色多孔菌能使固态褐煤液化，有些菇类则可用于生产助鲜剂，进行药物的合成和转化。作为菌类系列产品开发，我国尚处于探索阶段，但已展现出菇类栽培业发展的广阔天地。
食用菌生产在大农业中的地位越来越重要。特别是进入20世纪后，人口恶性膨胀，带来了粮食、能源危机，这就唤醒人们对废物利用的重视，大规模地利用各种廉价的基质和废物来生产食用菌，通过生物的作用，将粗纤维转化为人类可以食用的优质蛋白。菇类蛋白质的氨基酸组成比谷物更加全面，赖氨酸含量更高。据联合国粮农组织的专家调查，仅仅因为谷物中赖氨酸含量不足，使蛋白质的合成失去平衡，在亚洲地区，每年造成的营养损失就相当于231万吨蛋白质，使45亿人身患营养不良症，7500万儿童发育滞缓或不满10岁而夭亡。所以发展菌类生产，也是大农业生产的一个重要生态结构，应放在重要位置上。