随着新农村建设和现代农业的快速发展，大棚蔬菜发展又进入新一轮高峰。但新发展的大棚多由粮田直接调整而来，存在土壤肥力较差，不能满足蔬菜生产优质、高产的需要；其次新菜农栽培管理技术水平较低，投入盲目性大，易于造成氮磷钾等养分供应失调，土传病虫害发生严重等土壤障碍的问题。因此科学引导新菜农对新大棚菜田土壤培肥和管理成为当前急需解决的技术问题。土壤培肥改良的主要手段是增施有机肥。现将有机肥种类、特点及施用介绍如下：
农家肥：包括粪肥、饼肥、绿肥、秸秆还田、泥肥、堆肥、沤肥、厩肥、沼气肥等。其具有原材料来源广泛、易于就地取材、价格低廉、施用后不仅能为作物提供全面营养，且肥效长，可增加和更新土壤有机质，促进微生物繁殖，改善土壤的理化性质和生物特性等的优点，是蔬菜种植的良好肥料来源。
农家肥主要做底肥施用。新建大棚应多施农家肥，并进行全层撒施与土混匀，施肥深度10～20厘米，施用推荐量以每亩2000～5000公斤为宜。农家肥在施用前应进行堆腐发酵防止将害虫卵、病原菌、杂草种子带入菜田。
商品有机肥：是以畜禽粪便、动植物残体、还包括不含合成添加剂的食品、工业的有机副产品，不含防腐剂的鱼渣、牛羊毛废料、骨粉、氨基酸残渣、家禽家畜加工废料、糖厂废料等富含有机质的资源为主要原材料，采用工厂化方式生产的有机肥料，具有养分含量相对较高，质量稳定的特点。其主要种类及施用有：
精制有机肥料类（不含特定功能的微生物，以提供有机质和少量养分为主）一般作底肥施用，也可以用作追肥。做底肥一般根据土壤肥力不同以亩施300～1500公斤，同时配施传统有机肥和少量的氮磷钾复混肥效果会更佳。
生物有机肥料类（除含有较高的有机质和少量养分外，还含有特定功能的有益菌，如固氮、解磷、解钾、抗土传病害等）无毒无害，不污染环境，能通过特定微生物的生命活动增加作物的营养或产生作物生长刺激物质，促进作物生长，减少病害等，是大棚菜田首选的肥料。在施用时应与传统有机肥和化肥配合施用以满足蔬菜的营养需要。
有机无机复混肥料类（由有机和无机物料混合而成，既含有一定比例的有机质，又含有较高的养分，氮磷钾总量≥15）养分含量较高，作底肥的用量应少于精制有机肥；还可根据情况做追肥施用。
微生物肥料：是指由有益微生物制成的，并富含活性微生物的特定制品。这类肥料的施用可以补充、促进有益微生物群体的繁殖，改善土壤微生态环境，抑制或控制土传病虫害的发生。其种类较多。其种类不同，其功效也各不相同。但微生物在土壤中要存活和大量繁殖发挥应有的作用需要有条件，其中土壤有机质是决定条件。微生物肥料不能代替化肥作用，蔬菜持续高产也不能过分依赖微生物肥料。
微生物肥料有液体和固体两种。施用上可分为拌种、浸种、喷施、蘸根和灌根等多种方法。亩用量1～2公斤左右。