粪便观察是技术人员日常工作必不可少的内容，通过对粪便的观察可评判奶牛健康状况、发现营养问题，并给营养调整、疾病防控提供决策依据。
奶牛发生瘤胃酸中毒时，其粪便会发生变化。同群奶牛粪便变异较大（便秘与腹泻交替），有的含有黏性蛋白管形物，有的粪便中的纤维长度增加，还有的粪便中有明显未消化的纤维和饲料，饲料利用率降低。奶牛产奶量减少，其乳脂率降低，脂肪蛋白比倒挂。原因是给奶牛饲喂了大量谷物和非纤维性碳水化合物。改进措施：降低日粮中精料的比例，添加小苏打等缓冲剂，增加优质粗料的供应，提高粗饲料的颗粒度，降低脂肪的添加比例等。
奶牛采食过多的的瘤胃降解蛋白，因为需要消耗更多的水分通过粪便排除过多氮，从而会排出稀松的粪便。
热应激也是引起奶牛粪便异常的一个原因。由于发生热应激，奶牛对粗饲料的采食量和消化率下降，相应地多采食精饲料，使得奶牛易产生瘤胃酸中毒。即便是在日粮中含有足量纤维的情况下，由于奶牛挑食，减少了瘤胃反刍，也将导致瘤胃pH值下降而发生瘤胃酸中毒。此时，不能过多添加精料，应多添加优质粗料和可口的饲料品种，同时提供清凉干净的饮水，对牛舍的降温和降低饲养密度等都是有效的。此阶段也是奶牛肢蹄病的高发期，由于肢蹄疼痛，严重影响采食，导致体质下降。改进措施：提高饲料的能量水平，添加有机锌、铜、锰、铬和生物素等，减少应激，提高奶牛对饲料的利用率。
奶牛吃了被霉菌污染的饲料后，容易发生腹泻，有时粪中带血，呈黑色，怀孕牛易流产，甚至死亡。而奶牛发生真菌病时，生产力下降，采食量减少，间断性腹泻（有时伴有血或黑色的粪便），不育，皮毛粗糙，降低繁殖性能，其中包括不规则发情和胚胎死亡，同时发生胎衣不下、酮病、真胃扭转、乳房炎、子宫炎和脂肪肝等疾病，且难以治疗。低质量的青贮饲料会使不耐酸病原菌李氏杆菌增殖，并长期存在，也能引起奶牛流产和腹泻。因此，如发现有奶牛粪便异常，排除瘤胃酸中毒和热应激后，就要考虑是饲料受霉菌和真菌等的污染。此时，要尽快将饲料送检，并更换饲料，如发现有污染，要全部销毁已污染饲料。在保存饲料时，也要注意保存的环境条件。饲料在青贮时，要注意其水分含量，并压实，防止霉变。
如果我们看到奶牛粪便中含有大量未消化的谷物和长粗饲料（长于1.27厘米），那就说明瘤胃发酵功能有问题：一是胃流速度加快，造成较多的后肠发酵和大肠发酵。相对于瘤胃发酵，后肠发酵效果和价值较低，这是因为后肠对营养物质的吸收率较低。胃流速度加快的原因可能是有效纤维采食不够，没能有效刺激瘤胃反刍和保持正常的瘤胃pH值所致，可以通过增加日粮有效纤维的用量或同时增加有效纤维的长度来调理。二是日粮缺乏可降解蛋白或一些特殊的可溶解蛋白，影响瘤胃微生物的增殖和功能。三是日粮中含太多的瘤胃慢速降解淀粉，瘤胃微生物需要合理比例的快速降解纤维、糖及慢速降解纤维，通常可以通过用快速降解纤维及糖来代替慢速降解纤维以减少粪便中的可见谷物。在日粮中添加2%～4%的糖及3%～6%的快速降解淀粉可以有效改变粪便的状态。奶牛粪便状态与可能因素见下表。