目前规模化养猪所面临的主要问题是对复杂猪病的控制、生物安全和环境污染等。通过猪场综合性防疫体系，即采用科学合理的饲养管理、免疫接种、药物保健等一系列措施可以达到综合防疫的目的。
科学的饲养管理
隔离：在生产线的各主要环节，分批次安排猪的生产，做到全进全出，使每批猪的生产在时间上拉开距离以进行隔离消毒，可有效切断疫病的传播途径，防止病原微生物在群体中形成的连续感染、交叉感染。建消毒池、装猪台等常规隔离设施外，最好在生产区下风向设立病猪隔离治疗舍、引进种猪的隔离检疫舍，以利于个别发病猪的治疗和防止外来病菌进入。发现病猪要及时将其转入病猪隔离舍，避免在全群中造成污染。
消毒：根据消毒的种类、对象、气温、疫病流行的规律，制定合理的消毒程序。例如全进全出的猪场消毒步骤：清扫—高压水冲洗—喷洒消毒剂—清洗—熏蒸—干燥或火焰消毒—喷洒消毒剂—转进猪群。消毒液最好轮换使用（每月换一种成分），推荐使用具有杀菌快、穿透力强、作用持久等优点，同时对口蹄疫病毒、流感病毒、蓝耳病病毒、伪狂犬病毒及各种细菌、支原体和芽孢等具有强效杀灭作用的消毒剂，冬春季节在猪舍密闭较严的情况下可同时进行带猪熏蒸消毒。在选择消毒药时不要怕多花几元钱，一定要选择优质的消毒药，喷雾用消毒药最好选用含聚维酮碘和聚维酮溴的，熏蒸消毒药可选用对猪无伤害的带猪熏蒸消毒药。
驱虫：很多养猪户不重视寄生虫病的防治，其实寄生虫病给养猪业带来的危害是非常巨大的，不但能掠夺猪体的营养、破坏猪体营养平衡，同时可使猪的免疫力下降、生长速度减慢，而且增强了对细菌性疾病的易感性，对猪场的经济效益影响极大。所以要重视驱虫。
灭鼠、灭蚊蝇：做好猪场灭鼠工作，但禁止养猫，因为猫属弓形体的终末宿主，是弓形体病的主要传染源。夏季还要做好灭蚊蝇工作，消灭血虫病的传播媒介。
免疫接种
制定科学的免疫程序，按程序给猪群接种疫苗，可以诱导不同年龄阶段的猪产生主动免疫。如猪瘟、口蹄疫、伪狂犬病、细小病毒病和流行性乙型脑炎等病毒性疾病必须通过免疫接种来预防。实际上一个猪场可以接种的疫苗有很多，据不完全统计，需接种疫苗的种类多达17种。当然还有很多疾病没有疫苗可以使用，还有些疾病的病因没有完全搞清楚（如猪皮炎肾病综合征），因此不可能依靠疫苗接种预防所有疾病。而且，即使是用好的疫苗，也不可能有100%的保护率，仍需加强管理，并对猪进行药物保健。
药物保健
药物保健的作用主要是切断疾病的传播环节，如在子猪开口料中添加药物可以预防子猪腹泻，特别是由大肠杆菌等细菌性病原引起的腹泻。即使是病毒性腹泻，也需要用抗菌药物控制继发感染。如可在每吨开口料中添加10%的支原泰妙1公斤、强力先预混剂1公斤，可有效预防由大肠杆菌、沙门氏菌引起的子猪腹泻。
药物保健方案：
一是在1吨后备母猪饲料中添加10%的支原泰妙1公斤、强力先预混剂1公斤，或者拌5%的替米先1公斤、菌消清0.5公斤，可有效净化后备母猪体内的细菌性病原体如肺炎支原体、猪痢疾密螺旋体、结肠螺旋体等，确保后备母猪健康繁殖。具体用药时间是在配种前连续应用15天，或配种前每月连续用药7天。以上药方要交替使用。
二是在经产母猪生产前后各7天的饲料中按每吨添加10%的支原泰妙1公斤、强力先预混剂1公斤，或者添加5%的替米先1公斤、菌消清0.5公斤，可有效净化肺炎支原体，降低蓝耳病病毒的感染率，防止细菌性病原体的传播，更能预防子宫炎、乳房炎和泌乳障碍综合征，确保奶水的质量，降低子猪腹泻的发病率，提高断奶窝重。
三是在断奶子猪阶段添加药物预防肺炎支原体、链球菌、猪痢疾密螺旋体、细胞内劳森菌和结肠螺旋体等感染。每吨饲料中添加10%的支原泰妙1公斤、强力先预混剂1公斤，或者添加5%的替米先1公斤、菌消清或强力先预混剂1公斤。保育舍换料后连续添加15天。
四是在保育阶段添加药物，以避免接种过多疫苗。如果保育阶段没有使用药物，为了防止育肥阶段的呼吸道综合征，可以在发病前如12周龄或17周龄在每吨饲料中添加10%的支原泰妙1公斤、强力先预混剂1公斤，或者添加5%的替米先1公斤、菌消清1公斤，连用7天。