消毒是种猪场防控疾病的关键，事关存亡，丝毫不可懈怠。
种猪场门口建消毒池，本场人车进出，必须经由消毒池。池内放2%的烧碱溶液，每周更换一次，保持池内消毒液的有效性。
饲养人员、兽医进入猪场前必须在门卫室洗手，用消毒皂或0.1%的新洁尔灭溶液清洗。进入猪场须穿专用胶鞋，饲喂用具在入场前需喷洒消毒。
猪舍内外、猪场道路每周定期消毒。舍内带猪消毒可用对人畜无害的消毒液，如百毒杀或0.2%的过氧乙酸溶液等；运动场及场内道路可用2%的烧碱溶液消毒。在进行消毒前必须彻底清扫、冲洗，用烧碱溶液消毒后亦须彻底冲洗，除去消毒液，以免腐蚀皮肤和用具。
种母猪在分娩前需对乳头、阴户用0.1%的高锰酸钾溶液擦洗消毒，然后送入消毒过的产房待产。
从场外引进猪种时，进场前必须在隔离舍饲养1周，进场时仍需用对人畜无害消毒药如百毒杀或0.1%～0.2%的过氧乙酸溶液带猪消毒。
种猪场除特别情况外，一般谢绝客人参观。凡遇来人参观，进场前必须按规定消毒，如更换专用衣服、鞋帽，用消毒液洗手，用紫外线消毒15分钟等。出场后，需对参观路径或全场进行喷雾消毒或洒水消毒。