消灭苍蝇的办法很多。目前常用的办法是定期撒药，这个办法既增加费用开支，又对环境造成污染，把苍蝇的天敌也同时杀灭，而且时间长，苍蝇会产生抗药性，很快又繁衍复兴起来。消灭苍蝇，要根据苍蝇生活史，从聚生地多想办法，改善环境，使苍蝇不适生存。
控制舍内湿度 苍蝇卵后在相对湿度35%以上才能孵化成幼虫，最佳孵化相对湿度为70%，保持栏舍通风干燥是控制苍蝇繁殖最好的办法。为控制舍内湿度，清洁饮水器要小心，以免溢水。饮水器漏水，要立即更换，并把漏水处理干净。饮水槽出水口应用胶管套上，把流出的水引入水沟流到舍外。使用饮水槽时，水槽的水位不要太高，保持有0.5厘米深的长流水水位即可，以免溢出。舍内冲洗时，要把水扫清，打开门窗，加强通风，使舍内地面迅速干燥。
严防蝇蛆逃跑 因蝇蛆老化后，一定要爬出粪坑，钻入干燥的墙缝或舍外松土内，才能变成暗红色的围蛹，围蛹再过几天就羽化为有翅的成蝇。如把舍内地面破孔和墙脚破缝补好，舍的周围筑有坚实的水泥，最好还撒上石灰或杀虫粉，这样老化蛆就跑不出去，在蛆的阶段就将其自然消灭。
使用添加剂 在饲料中添加灭蝇蛆的药物或者添加剂，可以达到驱除、杀灭各阶段动物体内外寄生虫的目的，动物排出的粪便同样能发挥药效杀灭粪沟里的蝇蛆和蛹，从而达到控制苍蝇的良好效果。