在苜蓿病害综合防治体系中，农药的应用十分有限，苜蓿病害的防治更加注重于“防”，更加依赖于农牧措施。包括整地、播种、田间管理、利用与收获、储藏的全过程。
1、利用抗病品种
抗病品种的利用是防治苜蓿及其他牧草病害的最有效和最主要的措施。美国培育的抗病性苜蓿如：皇后2000（Empress2000）、全能（Total+Z）、全明星（Alfastar）、盛世（Millennmium）、丰宝（Powerplant）、牧歌702（AmeriGraze 702）、巨人802（AmeriStand 802）、南霸天（Alfasuper）等。可以认为，这些品种对苜蓿的大多数病害有较强的抗性，所以，在引进苜蓿品种时，应注意选择相应抗病性的品种。
2、牧草混播
不同种的牧草，特别是豆科与禾本科牧草混播，由于其可提高土壤肥力，增加牧草产量并改善群落结构的稳定性，是草地生产中的常用措施。研究表明：苜蓿与无芒雀麦混播，可显著地降低苜蓿褐斑病与黑茎病的发病率；苜蓿与披碱草或粗穗披碱草混播，可明显抵抗苜蓿褐斑病；多年生黑麦草与红三叶混播，抵抗病害且增加产量等。
3、杀菌剂拌种
杀菌剂拌种是发达国家防治种传和土传病害，提高牧草种子发芽和田间出苗率的有效措施，在20世纪40年代以来，一直用于包括苜蓿在内的各种牧草及饲料作物。研究表明：我国11个省区，绝大多数苜蓿种样带菌率非常高，且10余种种子带真菌可严重降低苜蓿种子的萌发和幼苗的生长。
4、合理施肥
施肥的作用：增强植物的抗病性，补偿因病害引致的损失或提高土壤中有益微生物活动。研究表明：土壤中的硫含量低，是加重苜蓿根腐病的原因之一；增施钾肥可降低苜蓿根病的发病率和镰刀菌的侵入率；增施氮肥可增加苜蓿黑茎病的发病率，而土壤中的钙可降低茎线虫对牧畜的危害。
5、草地合理利用
草地合理利用减轻病害危害的原理是减少田间病原物数量及增强植物自身的活力。当苜蓿地上部分普遍发生叶斑病，如褐斑病、霜霉病、白粉病等病害时，应提早刈割或放牧，以减少田间侵染原的积累，降低再生牧草的发病率。但这一措施不适应根病，当苜蓿发生根病时，增加刈割的次数，便相应地增加病害的严重度与植株的死亡率。
6、焚烧残茬
早期焚烧苜蓿残茬，减轻病害的原理是减少生长季中初级侵染源，即病原物的数量。焚烧亦是消灭苜蓿田中菟丝子危害的有效措施。