疫苗的免疫接种是饲养管理中关键的一环，在集约化养殖中显得尤为重要，但究其本质而言，也是一种人为的应激反应。在产生免疫应答的同时，对机体也产生损伤。
冻干活苗的免疫反应
活疫苗免疫后常见的反应有：甩头，流泪，打喷嚏，呼噜，咳嗽等，这种反应一般在免疫后第2天～4天出现，再过5天～6天反应较重，以后逐渐减轻；有时出现精神不振、采食减少、拉绿色粪便等现象。常引起免疫反应的疫苗有ILT、IBD、ND等。
有些活疫苗可以根据是否出现反应来确定免疫效果。如鸡痘疫苗接种后4天，接种部位可出现轻微肿胀，并出现黄色或红色的结痂，反应持续3天～4天后减轻，14天～21天结痂消失。如没出现这种反应，应在5天～7天后补种。球虫疫苗免疫后，个别鸡群拉红色粪便，可自行恢复。传喉冻干苗涂肛后，肛门黏膜发红，有炎症，标志免疫效果良好。一般来说，疫苗接种途径的侵蚀性愈强，则疫苗反应就愈强烈，但产生的免疫力也愈强。例如，点眼法的侵害性强于粗粒喷雾，但产生的免疫力也强于粗粒喷雾，而粗粒喷雾的效果又优于饮水免疫。
由于其他因素的影响，如疫苗的种类、毒力、接种量、免疫途径、鸡群的健康状况、敏感性以及是否发生细菌性感染等，免疫接种后常出现严重的反应，如生长率和饲料报酬降低，抵抗力下降，在病原微生物的侵害下极易引起发病，死淘率和药物费用增加。
加重冻干苗免疫反应的因素
鸡群的健康
鸡群在健康的情况下才能免疫，才能产生良好的免疫应答。饲料质量低劣，维生素缺乏；管理粗放，如：通风不良，垫料发霉、粉尘多、密度大，应激频繁；免疫前有呼吸道症状、大肠杆菌等疾病以及存在免疫抑制性疾病，都可降低鸡群的抵抗力，特别是有些诱因可造成呼吸道黏膜损伤，免疫后不但不能产生良好的免疫应答，还会出现严重的应激反应，如呼吸道症状加重，反应时间增长，死淘率增加等。所以加强饲养管理，作好其他疾病的防治工作，确保鸡群在免疫前健康，可减轻疫苗反应。
母源抗体水平
母源抗体水平较低、不整齐，免疫反应较严重，可发生绵延起伏的反应。母源抗体水平高、整齐一致时，对免疫反应有抵抗力，免疫应激较小。但母源抗体过高，疫苗能中和母源抗体，不能产生足够的保护率。所以免疫前进行抗体检测，以确定最佳免疫日龄。
免疫途径
相同的疫苗，免疫途径不同，应激反应的大小也不同。如新城疫IV系气雾免疫时，应激强烈，容易诱发支原体等疾病，采用点眼、滴鼻应激相对较小，饮水免疫时，应激反应很轻。传染性喉气管炎点眼时，常出现流泪、肿眼、咳嗽等反应，而采取涂肛的方式，很少出现这种现象。疫苗的毒力相同，采取不同免疫途径，应激反应的大小也不一样。如新城疫I系注射免疫效果较好，应激反应较小，而采取饮水免疫时，应激反应强烈：鸡群出现呼吸道症状，严重的发生非典型新城疫。所以应根据不同的疫苗及毒力的强弱，尽可能选择免疫效果好、应激反应小的免疫途径。
非SPF来源的疫苗
现在大部分疫苗来源于普通鸡胚，其中母源性病原微生物如沙门氏菌、支原体、网状内皮增生症、传染性贫血等的阳性率很高，鸡群接种后，常常发生慢性呼吸道等疾病。使用SPF来源的疫苗可减小疫苗反应的程度。
鸡舍卫生条件和空舍时间的长短
鸡舍消毒不彻底，空舍时间达不到标准要求，病原微生物会大量滋生，可在机体如消化道、呼吸道、生殖道上生长繁殖，潜伏感染，一旦受到应激后，特别是免疫冻干苗后，鸡群就发生严重的疫苗反应，引起呼吸道、拉稀、产蛋下降、死淘增加等疾病。
疫苗的毒力和免疫剂童
疫苗的毒力过强或残留毒力，也是造成疫苗反应的重要原因。传染性喉气管疫苗残留毒力，免疫后往往出现流泪、肿眼、咳嗽等反应。活苗接种量适当加大，免疫产生较快，水平较高。但有些疫苗接种量过大，可造成强烈应激与免疫抑制。有些活苗接种量过大能引起近似发病的严重反应，如新城疫活疫苗，可引起鸡群精神萎靡与神经性扭头，法氏囊能引起昏睡，严重时出现鸡死亡。所以疫苗选择要根据鸡的日龄和接种方法来确定，并严格控制免疫剂量。