每年进入汛期后，我国南方部分地区都会连降大到暴雨，局部地区还会出现大暴雨的恶劣气候，致使一些地区发生严重的洪涝灾害，加上天气高温高湿，极易造成炭疽、血吸虫、流行性乙型脑炎、狂犬病等人畜共患疾病的发生和流行。现将洪涝灾后的动物疫病防控要点介绍如下：
一、及时处理病死畜禽。分两种情况：一是受灾过程中，不少畜禽被水冲散、淹死。由于死亡畜禽体内带有大量微生物，如不及时进行无害化处理，任其腐烂发臭，病菌会到处扩散，不仅污染环境，还容易引起人畜疫病大流行。对这种畜禽尸体最简单有效的处理方法是深埋。深埋应选择高岗地带，坑深在2米以上，尸体入坑后，撒上石灰或消毒药水，覆盖厚土。有条件的地方可以焚烧。还要建立粪污无害化处理等防疫制度。二是对不明死因的家畜，要立即主动上报，一旦确诊，要严格按《动物防疫法》的有关规定，由兽医主管部门进行处理。
二、在地方兽医部门指导下，做好居住区和动物圈舍的消毒工作，对病死畜禽和粪污严格实行无害化处理。如在乙脑疫区要清理卫生死角，排除积水，灭蚊防蚊，避免人猪混住。在血吸虫病疫区要疏通沟渠，排除积水，铲除杂草与钉螺滋生地；严禁到滨湖、草洲放牧耕牛等。
三、没有进行口蹄疫、猪瘟、鸡新城疫和高致病性蓝耳病免疫接种的畜禽，要立即补免。对已进行了这两种病免疫接种的畜禽，可根据疫情，必要时强化免疫一次。
四、不喂发霉变质的饲料。因发霉饲料中的霉菌能引起动物中毒。猪中毒后，一般体温正常，粪便干燥，有呕吐症状。另外，常见阴户肿胀，乳腺增大，母猪不孕并有流产现象。有的出现神经症状，严重的出现死亡。全身多处部位包括内脏出血，肝脏有坏死。猪食发霉饲料中毒没有有效治疗方法，重在预防，严禁饲喂霉变饲料。
五、不从疫区引进种畜禽。由于灾区种猪种禽普遍不足，灾后农民急需补栏，可能需要到外地调运，稍有不慎，就会带进疫病，因此灾后补栏增养也需要及时防疫。要注意尽量避免从疫区引进种畜。
六、在疫病流行区，做好人和动物免疫预防工作及药物治疗工作。
七、保护水源，注意人畜饮水卫生，严禁饮用被污染的水，避免感染。