一、根腐病。主要侵染根部，开始水浸状，后来腐烂，茎缩小干枯、病部腐烂处的维管束变褐，后期病部变糟，留下丝状维管束，病株地上部初期症状不明显，后来叶片中午萎蔫，早晚尚能恢复，严重时多数枯死。
二、茎腐病。主要棚内湿度大，病菌从采瓜，打叶的伤口中传播，初期伤口出现胶质物后感染腐烂，病处变褐色，最后烂枯死。
传播及发病条件：土壤中病菌从根部及茎部伤口侵入，借灌溉水传播，遇高温，高湿阴雨天易发病，连作地、低洼地，黏土地或棚内长期湿度过大，发病较重。
防治方法：⑴对大棚在定植前进行日光高温消毒。⑵采用高畦栽培，防止大水漫灌及积水。⑶苗期用3000倍绿亨一号喷2-3次。⑷定植时用仙灌75-100克加水15千克，浇棵每株0.25-0.5千克。⑸定期用丰田金钾冲施3-5遍。⑹摘瓜、打叶后及时喷洒甲基托布津、根腐灵、多菌灵、并涂抹伤口。
三、病毒病。症状：叶上有深绿色病斑，重病株叶变黄叶片畸形呈鸡爪状，叶片薄，变小花叶失绿，病株结瓜少或不结瓜，瓜上有瘤状突出或畸形。
传播途径及发病条件：通过浇水、蚜虫、白粉虱等传播，在高温干旱，日照强或缺水、缺肥，管理粗放等条件下发病重。
防治方法：⑴施足基肥，适时浇水冲肥加强管理，促进根系发育。⑵在苗畦时要注意不要高温干旱发生病毒带入大棚。⑶及时防治各种虫害，及时清除杂物，在发病初期开始喷洒菌毒清、病毒A、植病灵、83增抗剂等抗病毒药，10天左右1次，连续防治2-3次。
四、白粉病。症状：苗期到收获期均可发生，叶片发病重，叶柄和茎次之，发病初期在叶面，叶背及幼茎，叶上产生白色圆形小粉白点，叶的背面多，其后向四周扩展成边缘不明晰的连片白粉，严重时整个叶片布满白粉。发病后期，白色的霉斑变成灰色，在病斑上形成黑色的小粒点。
传播途径和发病条件：10-25℃均可发病，发病速度很快，往往一夜之间整棚发病，棚内湿度过大或连阴骤晴发生，棚内温度过高时猛拉风口，冷气一吹易发病，风口下面易发病。
防治：每天要细观察，发现小白点及时用福星、瓜粉安或晴菌唑等喷洒，喷药宜在下午进行，且要面面俱到，打下的病叶要随时包好带到室外掩埋。
五、灰霉病。主要危害西葫芦的花、幼果、茎和较大的果实。花和幼果的蒂部初为水浸状，后逐渐软化，表面密生绿色霉，最后果实萎缩、腐烂，有时病果内部生长黑色菌核。
传播途径及发病条件：病菌在土壤中潜伏，棚内湿度大低温无光照时，病菌从土壤中出来，随风、农事操作进行传播，传播适温13-23℃，湿度90%，连阴天气温低、湿度大，放风急时发病重。
防治方法：⑴点花时施用"保果宁二号"。⑵加强棚室管理，保持棚面干净，通风透光。⑶发病初期晚上密闭棚室，用速克灵烟剂，北京产天擎灰脱宝烟剂熏蒸，效果很好。⑷用密霉安、进口速克灵、绿亨五号与丰田叶面肥混合后喷雾效果好。