一、秋季穴施有机肥和复合肥，穴施就是在树冠周围或树盘内，挖深40-60厘米、直径50厘米的施肥穴。一般幼树期间每株挖1-2个穴，初结果树每株挖2-4个穴，盛果期大树每株挖4-6个穴。将穴的底部先填入20厘米厚的腐熟粗有机物（如作物秸秆、细碎枝条等），然后把肥料和表土按照1:3的比例混合均匀后填入穴内（每穴施入复合肥100克），填满后浇水沉实，待水渗下后把底土撒入地表面，并整平树盘即可。每年施肥方向错开，施肥量逐年增加。秋季采用穴施有机肥和复合肥，虽然施肥范围小，但是肥料集中，可以有效地改良施肥穴的土壤，使施肥穴土壤肥沃，理化性状好，为根系生长创造一个营养良好的环境。
二、生长期适时地下追肥。施肥方法是，在行间开深5-10厘米的条沟，将肥施入沟内，施肥后立即浇水。⑴采叶园。一年地下追肥3次：第一次在发芽前10天左右，每亩施尿素20-25千克；第二次在新梢生长高峰前（5月中旬），每亩施尿素25千克；第三次在8月上旬，每亩施多元复合肥20-25千克。⑵结果园。银杏结果园由于树龄有大有小，结果有多有少，树势有强有弱，树体贮藏营养水平有高有低等复杂情况，因此追肥时应因树因地制宜。幼树（结果前）一年追肥2次：第一次在5月上中旬，每亩施尿素10-15千克；第二次在8月下旬至9月上旬，每亩施多元复合肥15千克。结果树一年追肥4次：第一次在发芽前10天左右，每亩施尿素25千克；第二次于新梢生长高峰前7天左右（5月上中旬），每亩施尿素15-20千克、磷酸二氢钾15千克；第三次在7月下旬至8月上旬，每亩施多元复合肥20千克；第四次在9月上中旬，每亩施多元复合肥15千克左右。
三、辅助叶面施肥。根据银杏生长发育特点，全年一般可进行叶面喷肥6次；第一次在早春发芽前20天左右，喷3-5%的尿素溶液1次，可以有效地解决早春土温低、根系活动晚、吸收能力差的问题；第二次在发芽后15天左右，喷0.2%尿素溶液，可促进幼叶生长，增加叶片的光合作用；第三次在5月中旬，喷0.5%尿素溶液，主要可以加速新稍生长,增加枝条当年的生长量；第四次在6月中旬，喷0.5%尿素溶液，以促新梢生长和花芽形成；第五次在7月上旬，喷0.3%磷酸二氢钾溶液，可以延长新梢生长期，促进花芽形成；第六次在8月下旬，喷0.4%磷酸二氢钾溶液，主要是提高叶片的光合功能和单叶鲜重，促进果实的生长发育。