日本肉鸡的产业链经营模式和美国、巴西类似，大部分企业实现产业链一体化经营，其中养殖环节主要通过合同养殖来衔接。在日本国内，合同养殖的肉鸡产量约占总量的75%。与此同时，日本国内也存在一些养殖环节内部化（即自养）的产业链一体化企业（类似于国内的圣农发展）。从日本国内肉鸡产业链的演进过程来看，除了财务约束，风险分担、提高效率和交易费用最小化等驱动因素外，肉鸡主产区的重新规划安置以及鸡肉分销体系的变迁均对日本肉鸡产业链一体化起到一定作用。
在上世纪60年代以前，日本的肉鸡养殖主要分布在消费城市的郊区。中间商从散养户收购出栏活体肉鸡后再直接出售给肉食零售商。接着，这些零售商把屠宰和切块的鸡肉出售给消费者。
在60年代以后，随着白羽肉鸡的引进，日本国内肉鸡养殖生产规模大为提升，城市周边的养殖区域开始面临重新规划和安置的问题。与此同时，饲料厂、孵化场开始尝试和养殖户进行产销合作并开始发展成为当地肉鸡产业链的整合者。随着区域养殖规模的进一步扩大，产业链整合者为了进一步发挥规模效应，开始在养殖区域建立屠宰加工厂。和之前的活禽出售不一样，产业链经营企业把经过加工处理的整鸡运输到城市，并由当地的零售商做进一步加工切块和出手给消费者。在这发展趋势中，日本国内的冷链物流发挥了一定的驱动作用。
在70年代以后，肉鸡生产进一步远离城市并重新安置在农村区域。这一变化的主要原因在于为禽养殖业配置更好的养殖资源，例如土地、劳动力，便利的交通运输和发达的冷链物流等。
除了通过生产合同来衔接养殖环节的产业链经营企业以外，一些大型的贸易公司也开始在生产区域里建立自己的养殖场和屠宰加工厂，建立起产业链高度一体化的经营模式。这些产业链经营企业屠宰加工的活禽不仅来自于自有养殖场，部分还来源于外部养殖户。他们把肉鸡加工切割成块并运输到全国主要城市的超市。
日本国内一些产业链研究成果显示，当养殖生产区域需要重新安置在远离消费区域的时候，改变肉鸡运输方式以避免损失和保持产品新鲜度显得非常必要。这一变化趋势在推动日本肉鸡产业链一体化的进程中曾经起到一定的历史作用。
