在孵化条件正常的情况下，胚胎死亡的分布比较有规律。从曲线可以看出有两个死亡高峰，第一次是在孵化的3-5天，死胚数占全部死胚的15%；第二次是在孵化的18-20天,死胚数占全部死胚的50%。
高孵化率鸡群，鸡胚多死于第二高峰；而低孵化率鸡群，两个高峰死亡率大致相似，第二高峰稍高。 第一死亡高峰正是胚胎生长迅速、各种胚膜相继形成但尚未完善之时，胚胎对外界环境变化很敏感。第二死亡高峰则处于胚胎从尿囊绒毛膜呼吸，过渡到肺呼吸时期。此时胚胎生理变化剧烈，需氧量剧增，自温猛增，传染性胚胎病的威胁更突出，对孵化环境要求高，一些较弱的胚胎不能顺利破壳而死亡。
胚胎死亡与维生素缺乏有密切关系，从而影响孵化性能，并且影响雏鸡质量及育雏前期的成活率和雏鸡发育，应当引起高度关注。
胚胎缺乏维生素A时，胚胎异位的发生率提高，循环系统发育异常。胚胎可能在孵化期第一周内死亡，或可存活到孵化期结束但无力出壳，或者虽然可以出壳但会很快死亡。如母鸡体内缺乏VA，雏鸡在出壳后1周左右即出现症状。检测发现，健雏比弱雏肝脏中VA的含量能高3倍以上。
母鸡体内维生素D储存量不足时，导致雏鸡发育迟缓和软骨症，表现育雏期瘫鸡和腿病。通常伴有蛋壳品质降低如蛋壳空隙改变等。检测发现，健雏比弱雏肝脏中VD的含量能高2倍以上。试验表明，给种鸡添加25-羟基维生素D3，能够促进胚胎发育和提高孵化率； 育雏期有效预防瘫鸡，可减少雏鸡死亡率1-3%。
维生素E缺乏，1-3天胚胎早期死亡，可见脑软化和渗出性素质。雏鸡需要较高的VE，出壳前几天的需要通过种鸡转化给它，检测发现，健雏比弱雏肝脏中VE的含量能高2倍多。育雏期要注意补充VE。
维生素K缺乏，雏鸡出壳时出血、流血，1日龄雏鸡断喙时出血过多。
硫胺素（B1）缺乏，出现两个阶段性胚胎死亡，一个在早期，另一个在19-21天。落盘时雏鸡大批死亡，但畸形鸡很少。出壳10-14天的鸡死亡率较高，雏鸡注射硫胺素后很快使病情得到好转。一些消毒剂、抗球虫剂和劣质鱼粉会加剧硫胺素的缺乏。最近的研究证明，当某些镰刀霉菌存在时，霉菌对维生素B1（硫胺素）的利用和破坏容易造成硫胺素的缺乏，硫胺素的需要量提高。
生物素是保持胚胎正常发育及孵化率所必须的，蛋内缺乏生物素会导致孵化的第一、第三周的死胚率有所增加，外补充生物素可解决蛋内缺乏问题。缺乏生物素主要是降低孵化率，但对产蛋影响不大，孵化第一周出现胚胎死亡率高峰并持续3天。日粮中生物素不足或缺乏，将导致孵化前5天或17天后的死亡高峰有所增加，软骨营养障碍或短肢，短骨及鹦鹉喙等，可见骨骼畸形和喙弯曲。
核黄素（B2）缺乏，9-14或17-21天胚胎大量死亡，胚胎出现水肿和或棍状绒毛，雏鸡爪极度弯曲。
叶酸缺乏或不足可导致的胚胎发育畸形甚至死亡。补充添加叶酸可提高蛋重及出壳重，同时种蛋贮存期延长会导致胚胎缺乏叶酸。
维生素B12缺乏，约8-14天出现胚胎死亡，常伴有水肿、曲爪和短喙。
泛酸缺乏，未出壳的雏鸡皮下出血。
种鸡维生素充足，孵化好的情况下，入孵蛋孵化率可高达87%，受精蛋孵化率可高达92%，健雏率可高达98%，无精蛋不超过4-5%，头照死胚低于2%，二照死胚低于2-3%，移盘后死胚低于6-7%。
