1）最好不用直接进样（容易污染离子源）。
2）做联用时最好分流（缩短分析时间、延长质量分析器寿命）。
3）最好使用在线切换阀，将每个样品的前后1－2分钟的流动相切入废液（避免样品中的盐进入质谱。做Sequence时可以把平衡柱子的流动相切入废液）。
4）开始联用前，直接运行质谱数分钟，可以先将温度（毛细管温度和离子源温度（APCI））加热到预设定值。
5）待机时将切换阀置于waste，避免刚开液相时将流动相打入离子源。
6）关机前毛细管的温度先降下来，稳定一段时间后再关闭电源，避免风扇停止转动后毛细管外围的热量向里扩散，容易引起内部线路及电子元器件老化加速。
7）如果用的是钢瓶而且天天做样的话，可将两个钢瓶并联。
8）做定量时注意离子源喷针的具体位置，否则可能会影响标准曲线。
9）如果是负离子检测的话，可以向流动相中加入少量异丙醇。
10）理论上液质联用禁止使用任何不挥发性的缓冲盐。如果需要，尽量使用诸如乙酸氨等挥发性盐，浓度不要超过20mmol/L。对于不挥发性的缓冲盐，如果你的仪器有吹扫捕集的话也可使用，但一定要小心。万不得已也不要用，首先有不挥发盐是得不到好的离子流的，其次盐留在质谱中很难除掉，除非停机清洗，不然一直会影响其他样品的分析。可以找质谱友好的条件来做液质联机，例如色谱条件为20mM磷酸盐的水/乙腈流动相，做液质联机的时候就可以用醋酸铵代替，然后用醋酸调节pH值与磷酸盐的一致即可。除了难挥发的盐，三乙胺、表面活性剂、还有高浓度（>0.5%）的TFA，都对质谱不好，液质联用的流动相中应该避免。
11）需要使用酸的情况下可以用甲酸、乙酸，三氟乙酸可以用，但能用甲酸或乙酸时就别用TFA。
12）胺类物质做ESI质谱时要注意进样量要少，因为很容易离子化，不易冲洗干净，会影响后面样品的测定。像三乙胺在液质联用时不能用于调节流动相pH值。若不慎引入三乙胺，在正离子检测时总会出现很强的102峰。
13）酸性物质适合做负离子检测，所以流动相偏碱性较合适，促使其解离，碱性物质适合做正离子检测，流动相中适当的加入酸，促使其形成正离子，流动相中适当加一些醋酸钠（或者醋酸铵），可形成加钠的正离子或者加铵的正离子。