一、三先三后原则
①观察图像时，需要先使用低倍镜后使用高倍镜，两者不可以颠倒；②使用低倍镜前要移动镜筒到合适位置，在移动的过程中先注视物镜，当其与装片距离约为0.5cm时，再注视物镜；③低倍镜调焦时，先使用粗准焦螺旋，再使用细准焦螺旋，但在高倍镜调焦时，严禁使用粗准焦螺旋，只可以使用细准焦螺旋
二、放大倍数与视野亮度的关系
低倍镜时，视野相对比较明亮，转用高倍镜时，视野的亮度会降低，所以要适当调大光圈或者将反光镜换为凹面镜，对于观察颜色比较深的细胞，视野的亮度要求也比较高，这样才能观察清晰，但是对于细胞本身颜色比较浅或者倾向于无色时，要在视野亮度比较低的情况下观察。
三、玻片的移动和物象的移动
由于显微镜成像是经过物镜和目镜两次放大后形成的倒立虚像，物象在视野中的移动方向和装片的移动方向是相反的，据此，如果所要观察的细胞不在视野中央，则偏向哪个方向，应该向哪个方向移动，比如所要观察的细胞在实视野的左上角，则应该将装片朝着左上角移动，才可以将细胞移动到视野中央，即在哪个方向朝哪个方向移动。不过对于细胞质中某细胞器的顺时针或者逆时针流动，则和真实情况一样，观察为顺时针，则真实为顺时针。
四、视野中污点的判断
在显微镜观察中，如果发现有污点，需要判断污点是在目镜、物镜或者是在装片上，一般的操作是先移动目镜，观察污点是否移动，如果移动，则是在目镜上，如果不移动，再尝试转动物镜，看下是否移动，如果仍然没有结果则移动装片进行确认，确认的顺序是目镜→物镜→装片，一般不要轻易先移动装片，不然要重新调整观察。
五、关于显微镜的放大倍数
显微镜的放大倍数等于目镜的放大倍数乘以物镜的放大倍数，而这个总的放大倍数指的是被观察样品的长度和宽度，并不是面积，面积则是长和宽相乘，对此需要理解视野中一行相连的细胞如果共有64个，当放大倍数增加4倍时，视野中应该还可以观察到16个细胞，但是如果视野中64个细胞为充满整个视野的分布，此时总的放大倍数提升4倍，最后可以观察到应该是4个，因为一行相连只需考虑一个维度的增加，而充满视野则需要思考64个细胞组成的面积会因为放大倍数的增加而变小。
六、高倍镜的使用
遵照先低倍后高倍的原则，需要先在低倍镜下观察清楚以后，再换用高倍镜，另外换用高倍镜前，需要将所要观察的物象移动到视野中央，以防止换用高倍镜后物象移出视野而观察不到；换用高倍镜时可以直接转动转换器，无需提升镜筒，虽然高倍镜会因为镜头较长距离装片更近，但正确的操作不用担心会触碰装片。换用高倍镜后，如果视野不够清晰，则只需要调节细准焦螺旋，通常来说换用高倍镜后视野会变暗，此时可以通过光圈或者反光镜的调整来增加亮度。
七、关于目镜和物镜
两个都是凸透镜，目镜的放大倍数和长度成反比，而物镜的放大倍数和长度成正比，如果想要获得最大的放大倍数，需要使用最短的目镜和最长的物镜组合，另外两者构造上也有外观的差异性，目镜没有螺纹，可以直接放进镜筒，而物镜有螺纹，需要拧在转换器上以固定使用。