反相色谱柱：使用新的C18柱时，先用甲醇或乙腈冲洗20-30个柱体积，然后用甲醇/乙腈：水（50:50）冲洗10个柱体积，然后再用流动相平衡10-30柱体积。
正相色谱柱：新柱用流动相平衡20-30个柱体积。
离子色谱柱（SAX, SCX）：新柱先用100%甲醇或乙腈冲洗20个柱体积，然后转换到流动相平衡。
部分品牌的氨基柱和氰基柱是保存在正相流动相中，用于反相色谱时，先用异丙醇或乙醇冲洗色谱柱50-100个柱体积。
当用HILIC模式时，新柱用50倍柱体积50/50乙腈/水活化平衡，然后再用流动相平衡20个柱体积。
反相柱：100%甲醇或乙腈保存。
正相柱：异丙醇或正己烷保存。
离子交换柱：100%甲醇，或大于40%的有机相保存。
切忌用缓冲盐保存色谱柱。
反相C18色谱柱
清洗：ÿ天柱子使用完后，立刻冲洗，如果使用缓冲液，必须先用相同比例的有机相/水冲洗20个柱体积，然后再转换到100%有机相冲洗20个柱体积。
再生：用100%水，甲醇，三氯甲烷，甲醇，100%水分别冲洗20个柱体积，在第一次用100%水时，进样5次200 μL二氯亚砜DMSO。
正相色谱柱
清洗：ÿ次清洗都用低流速起步，当检测到柱压稳定在一定水平后再增加流速。先用10柱体积不含其它添加剂的流动相中的弱溶剂，如正己烷、氯仿等反冲色谱柱。再用20柱体积的诸如二氯甲烷或异丙醇等流动相中的强溶剂反冲色谱柱。
再生：用四氢呋喃，甲醇，四氢呋喃，二氯甲烷，正己烷分别冲洗20个柱体积。
离子色谱柱
清洗：用100%水冲洗30个柱体积去除盐，然后用100%甲醇或乙腈冲洗20个柱体积后保存在50%甲醇或乙腈中。
再生：先用高浓度盐的缓冲液清洗（浓度可以是5-10倍，不超过1M），然后再用100%水洗，100%乙腈或甲醇清洗，再用50%乙腈或甲醇保存。
使用预柱保护分析柱（硅胶在极性流动相/离子性流动相中有一定的溶解度）
注意色谱的pH范Χ，大多数反相色谱柱的pH稳定范Χ是2-8
避免流动相组成及极性的剧烈变化
使用HPLC级试剂，流动相使用前必须经脱气和过滤处理
如果使用极性或离子性的缓冲溶液作流动相，应在实验完毕将柱子冲洗干净并保存在乙腈中
压力升高是需要更换预柱的信号
确认流动相中缓冲盐的溶解性
确认样品在流动相中的溶解性
避免压力的突变
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