1.仪器的检测通量
在购买定量PCR仪的时候要根据实验室的需要来选择不同通量的仪器。目前市面上的荧光定量PCR的检测通量小到16个多到384个。如果进行一般的基因表达研究或病原体检测，实在不必购买昂贵的仪器，96孔的通量足够用；需要寻找要新药靶点和疾病标记的实验室可以考虑购买384孔板的仪器。假如经费有限，无法购买384孔板仪器的实验室，可以考虑购买运行速度快（带有FAST模块）的96孔板荧光定量PCR仪。有了高通量的仪器，你会发现样品的制备和小体系、多样本的PCR体系构建成为限制实验速度和结果的颈瓶。Roche公司推出的MagnaPure核算纯化系统可配合Roche的Lightcycyler荧光定量PCR仪使用。Eppendorf 的ep Motion5070、5075全自动工作站，即可解决核酸纯化问题，又可进行96孔板、384孔板的PCR反应体系构建，不用加样加到眼发黑、手抽筋。
2.硬件设计特点
荧光定量PCR仪主要有传统的96孔板式、创新的离心式等，每种设计都有它的独到之处但也都有无法避免的缺憾。
传统96孔板的荧光定量PCR可以容纳的样本量大，而且无需特殊的耗材。有些传统的96孔板的仪器采用卤钨灯激发、CCD检测，这些光学结构在96孔板的顶部，每个样品孔距光源和检测器的光程各不相同——边缘效应，对结果产生影响。为了保证准确的实验结果，这类仪器在实验过程中通常会使用ROX（一种荧光染料）或Reference dye作为参照校正实验结果。卤钨灯的使用寿命短、更换成本较高已经成为很多用户头痛的问题。在实验过程中卤钨灯作为一种热光源，产生较多热能对实验结果有一定的影响。CCD最大的优点就是可以同时扫描所有样品中的荧光信号，但是灵敏度较低，而且同时检测样品间的荧光信号存在干扰。像ABI、Bio-rad公司生产的荧光定量PCR就属于这一种。但Bio-rad的IQ系列荧光定量PCR带有梯度功能。
创新的离心式的仪器通常选用LED激发、PMT检测，离心式的设计上避免了边缘效应。LED光源是冷光源对实验没有影响，因此无需采用其他荧光染料校正仪器，而且使用寿命长无需经常更换。PMT每次只能收集单个荧光信号，但是检测灵敏度高。但这类仪器运行速度非常快，但也存在样本量小、耗材昂贵、没有梯度功能、存在时间积分等缺点。Corbett 的Rotor-gene系列和Roche 的Lightcycler系列均为这一类仪器。
随着荧光定量PCR技术的使用，聪明的仪器生产商纷纷在传统的96孔板仪器上大作改进。首先是Stratagene的Mx3000p在检测上突破了使用CCD改用PMT检测荧光信号，大大提高了实验的灵敏度，但激发光源仍然沿用传统的卤钨灯并且没有梯度功能。Eppendorf公司推出的Mastercycler ep realplex是一款带有梯度功能的荧光定量PCR仪，使用了96个LED为激发光源，采用第二代PMT及96合一光纤为检测系统，不但避免了边缘效应还保证所有样品间的荧光信号没有干扰。
3.运行速度
在荧光定量PCR仪的众多技术参数中，升降温速度也是厂家喜欢大力宣传的指标。更快的升降温，可以缩短反应进行的时间，而且缩短了可能的非特异性结合、反应的时间，提高PCR的特异性。为了更好的完成实验，各个厂家纷纷推出能快速运行的荧光定量PCR仪。例如ROCHE推出的Lightcycler2.0利用空气动力学原理，可在半小时左右完成30-40个循环。ABI的7500可以选配FAST模块拥有5°C/秒的升降温速度，可在40分钟左右完成30-40个循环。zui近eppendorf新推出的Mastercycler ep realplex4S 和2S的银质模块荧光定量PCR仪 ，升降温的速度可达到6℃/秒和4.5/秒，是目前同类产品中升降温速度zui快的荧光定量PCR 仪。一个在其他仪器上原本需要40—60分钟的PCR反应，eppendorf Mastercycler ep realplex4S 和2S （银质模块）只需运行28分钟——别小看这节约下来的几十分钟，一天下来就可以多运行好几轮了。
4.灵活性
大规模繁忙的实验室设备固然让人羡慕，但是常规实验室同样可以有精彩的选择。现在的仪器供应商拥有众多技术专家，有的还能提供整个分子生物学的基础研究平台，不但了解、满足您现在的需求，而且还考虑到了你可能变化的需求——升级和更换模块。Bio-rad的Mycycler就可以选择模块升级为定量PCR仪。ABI的7900可以选择将96孔槽变为384孔槽。像离心式的双通道的Rotor-gene3000A 就可以根据您研究的需要升级成四通道的荧光定量PCR仪。Eppendorf公司在这方面考虑的就更加周全，如实验室已经拥有Mastercycler ep可以按照您的要求升级为Mastercycler ep realplex荧光定量PCR仪，而且可升级的型号有4种：2通道银质、铝制模块和4通道银质、铝制模块。您可以根据自己的经费和实验需要购买、升级任何一款Mastercycler ep realplex荧光定量PCR仪。