1.变性：在第一轮循环前，在94℃下变性5~10min 非常重要，它可使模板DNA 完全解链，然后加入Taq DNA聚合酶(hot start)，这样可减少聚合酶在低温下仍有活性从而延伸非特异性配对的引物与模板复合物所造成的错误。变性不完全，往往使PCR 失败，因为未变性完全的DNA 双链会很快复性，减少DNA 产量。一般变性温度与时间为94℃ 1min。在变性温度下，双链DNA 解链只需几秒钟即可完全，所耗时间主要是为使反应体系完全达到适当的温度。对于富含GC 的序列，可适当提高变性温度，但变性温度过高或时间过长都会导致酶活性的损失。
2.退火：这是PCR 的一个关键参数。在理想状态下，退火温度足够低，以保证引物同目的序列有效退火，同时还要足够高，以减少非特异性结合。合理的退火温度从55℃到70℃。退火温度一般设定比引物的Tm 低5℃, 当产物中包含有影响实验的非可异性扩增带时，以2℃为增量，逐步提高退火温度。较高的退火温度会减少引物二聚体和非特异性产物的形成。如果两个引物Tm 不同，将退火温度设定为比最低的Tm 低5℃。或者为了提高特异性，可以在根据较高Tm 设计的退火温度先进行5 个循环，然后在根据较低Tm 设计的退火温度进行剩余的循环。这使得在较为严紧的条件下可以获得目的模板的部分拷贝。退火温度越高，所得产物的特异性越高。有些反应甚至可将退火与延伸两步合并，只用两种温度(例如用60℃和94℃)完成整个扩增循环，既省时间又提高了特异性。退火一般仅需数秒钟即可完成，反应中所需时间主要是为使整个反应体系达到合适的温度。
3.延伸：延伸反应通常为72℃，接近于Taq DNA 聚合酶的最适反应温度75℃。实际上，引物延伸在退火时即已开始，因为Taq DNA 聚合酶的作用温度范围可从20℃-85℃。延伸反应时间的长短取决于目的序列的长度和浓度。在一般反应体系中，Taq DNA聚合酶每分钟约可合成1kb 长的DNA。延伸时间过长会导致产物非特异性增加。但对很低浓度的目的序列，则可适当增加延伸反应的时间。一般在扩增反应完成后，都需要一步较长时间(10-30min)的延伸反应，以获得尽可能完整的产物，这对以后进行克隆或测序反应尤为重要。
4.循环次数： 当其它参数确定之后，循环次数主要取决于DNA 浓度。一般而言25-30轮循环已经足够。循环次数过多，会使PCR 产物中非特异性产物大量增加。通常经25-30 轮循环扩增后，反应中Taq DNA 聚合酶已经不足，如果此时产物量仍不够，需要进一步扩增，可将扩增的DNA 样品稀释103-105倍作为模板，重新加入各种反应底物进行扩增，这样经60 轮循环后，扩增水平可达109-1010。扩增产物的量还与扩增效率有关，扩增产物的量可用下列公式表示：C＝C0(1+P)n 。其中：C 为扩增产物量，C0 为起始DNA 量，P 为增效率，n 为循环次数。在扩增后期，由于产物积累，使原来呈指数扩增的反应变成平坦的曲线，产物不再随循环数而明显上升，这称为平台效应。平台期会使原先由于错配而产生的低浓度非特异性产物继续大量扩增，达到较高水平。因此，应适当调节循环次数，在平台期前结束反应，减少非特异性产物。