卡槽的清洁
松开固定卡槽前方Holder的螺丝，用羊毛刷及ddH2O清洁卡槽，然后用干净的刷子将其擦干，如果可以的话，可以用异丙醇，甲醇或者乙醇代替水进行清洁，这样保存的时间较长。
压力电极的清洁
吸入端电极的清理非常重要，利用甲醇，异丙醇，或者乙醇清洁内部及其顶端。在电极内部小孔的顶部涂上一层薄薄的润滑油进行有效的防护。压力电极底部边缘的两个小孔需要用羊毛刷和水每个月进行清洁。
毛细管卡槽的清洁
每次电泳完毕之后，应该将毛细管用清洗液，ddH2O冲洗，然后用氮气吹干。
托盘的清洁
托盘内的小槽可能由于电泳液的溢出而收到污染，应采用温水以及性能较为温和的去污剂浸泡，然后用ddH2O冲洗干净，晾干，然后再安装好。清洗过程中注意不要让安放EP管的小槽划出托盘，经常使用的小槽应重点清理。
制冷器的更换及灌注
在常规的使用中，制冷储备槽应当经常检查和补充水量。水量应控制在槽内壁两条线之间，每周加入1到2 毫升的甲醇以防止细菌的滋长。使用电压在20KV以下时，ddH2O可以作为制冷液，在20～25KV时，大部份的情况下仍然可以采用水
作为制冷液，在≧25KV时就要采用Fluorinert FC 77，Bio-Rad catalog# 148-6050（机器配置时自带一瓶）。
清洁制冷槽的步骤
1． 用螺丝启讲制冷槽holder松开，从底部取出槽。
2． 用制冷清洁压力器尽可能的取尽其中的液体，用羊毛刷刷净槽内。
3． 托盘内的卡槽归位，关好门。
压缩机托盘的清洁
在电泳仪设备的底部有一个托盘，它收集来自制冷器的废液，每周应检查是否已满，尤其是潮湿的情况下需进行检查，如果内部有水，用容器在下部接住，并按下托盘右边的按钮。