1.中国
1.1中国大陆
在我国，国家卫健委负责管理食品用菌种名单，主要包括《可用于食品的菌种名单》《可用于婴幼儿食品的菌种名单》《可用于保健食品的益生菌菌种名单》和《可用于保健食品的真菌菌种名单》，以及新食品原料公告中批准的菌种。除以上名单中的菌种外，传统上用于食品生产加工的菌种允许继续使用。例如：冠突散囊菌使用范围为茶叶，属于《可用于食品菌种名单》中有关“传统上用于食品生产加工的菌种允许继续使用”的范畴。另外，中国食品发酵工业研究院和原国家卫计委的专家在《中国传统发酵食品用微生物菌种名单的研究》一文中对中国常见传统发酵食品的微生物相关文献进行了调研、汇总、分析梳理，收集了在关键发酵工艺中发挥主要功能作用的微生物菌种信息，提出了我国传统发酵食品用菌种名单。食品生产企业可参考以上名单在食品中使用菌种。
1.2中国台湾
“台湾卫生福利部”负责监管中国台湾地区食品用菌种的使用。在“可供食品使用原料汇整一览表”数据库中列举了可用于食品的菌种。该数据库中的食品原料不具有传统食用习惯，类似于我国的新食品原料。另外，“台湾卫生福利部”网站会公布审核通过的健康食品（保健食品），可查询产品配方中使用的益生菌。
2.美国
美国食品药品管理局（FDA）主要通过公认安全使用物质（GRAS）管理食品用菌种。1958年之前在美国有传统食用习惯的菌种可列入GRAS清单。1958年之后在食品中使用的菌种，FDA依据科学程序对申请单位提交的材料进行评估以决定是否纳入GRAS清单。FDA官网的“GRAS通知”数据库可查询通过FDA评估的菌种。另外，《美国药典》与《美国食品化学品法典》联合于2012年1月3日提出了食品用益生菌的推荐标准，包括一个益生菌名单。
3.欧盟
欧盟食品安全局（EFSA）建立了安全资格认证（QPS）体系，旨在管理有传统食用习惯的菌种。由于传统食用习惯已经可以证明菌种的安全性，EFSA建立了简易的风险评估程序评估这些菌种的安全性，通过后纳入QPS列表并获得授权使用，列表每年更新一次，并发布在EFSA官网。对于无传统食用习惯的菌种，EFSA对其进行全面的风险评估，通过后由欧盟委员会批准纳入新食品名单中方可使用。欧盟法规(EU) 2017/2470可查询被批准为新食品的菌种。
4.加拿大
加拿大卫生部负责管理允许在食品中使用的菌种。《关于食品中益生菌可接受的声称》中列举了食品中允许使用的益生菌，包括青春双歧杆菌、双歧杆菌和短双歧杆菌等16个菌种。另外，我国大部分保健食品在加拿大可归类为天然健康产品，加拿大天然健康产品原料数据库可查询该类产品中可使用的益生菌。
5.澳大利亚和新西兰
在澳大利亚和新西兰，澳新食品标准局（FSANZ）负责管理食品用菌种。对于企业无法确定是否属于新食品的菌种，FSANZ推荐企业先咨询新食品咨询委员会（ACNF），后者就一种食品是否属于新食品给出建议。这些建议可在《澳新食品法典中营养物质和新食品的未来监管建议》中查询，其中包括对部分菌种的建议。例如：植物乳杆菌和嗜酸乳杆菌在澳大利亚和新西兰有传统食用习惯，说明不需要申请新食品就可用于食品。对于无传统食用习惯的菌种，FSANZ将按照新食品管理，只有审批通过后方可使用。
6.马来西亚
马来西亚卫生部负责管理食品中使用的菌种。《马来西亚食品条例》附录12A规定了食品中使用的益生菌，包括双歧杆菌属的13个菌株和乳酸杆菌属的19个菌株。
7.新加坡
新加坡食品局（SFA）是新加坡主要的食品监管机构。根据SFA以往对食品伙伴网的回复，SFA未发布食品用菌种的使用指南，经SFA确认可以在食品中使用的菌种包括乳球菌乳酸亚种、乳酸乳球菌乳脂亚种和乳酸乳球菌乳脂双乙酰亚种。另外，SFA在回复中称已允许将具有长期安全食用历史的双歧杆菌和乳酸杆菌（如两歧双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、德氏乳杆菌、干酪乳杆菌代田株）在适当食品类别中用作益生菌。
8小结
综上所述，除新加坡外，以上大部分国家和地区都发布了食品用菌种名单。对于名单以外有传统食用习惯的菌种，只有欧盟发布了相对比较完整的清单。因为欧盟要求EFSA评估有传统食用习惯的菌种，后者专门针对此类评估建立了简易的评估程序。澳新、中国、新加坡和美国仅针对企业的咨询或申请对个别菌种的可食用性进行了确认或审批。对于名单以外无传统食用习惯的菌种，以上国家和地区均要求必须经过严格的风险评估，纳入新食品名单或食品用菌种名单后方可在食品中使用。
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