一、慎重处理单胞藻培养用水
作为生产性藻种培养用水，必须要经过煮沸灭菌，冷却至室温后再使用，在冷却过程中必须加盖，无盖的容器可用清洁的白纸盖在瓶口。而二、三级藻类的培养用水可用化学方法来消毒，即在已经清洗过的池子中，放入经过沙滤或用脱脂棉过滤处理后的海水，再在池内海水中放入若干量的漂白粉，使池内海水中有效氯的含量为20～30毫克／升，充分搅拌均匀后经过8～10个小时的消毒，再进行强充气，一般曝气10小时左右，再加入等当量的硫代硫酸钠，来中和水体中可能残留的有效氯，并经测定水体中无残余有效氯后即可使用。
经过处理后的海水最好能在短时间内用完，尽量不要超过一天，以防止再次被污染。
二、容量和工具的消毒
作为藻种级培养用的三角烧瓶等容器，必须用加热法或煮沸消毒法杀菌。作为生产性扩大培养用的玻璃瓶、水泥池等，通常用300～400毫克／升的高锰酸钾溶液或者含有效氯200～300毫克／升的漂白粉水溶液来浸泡消毒，具体的做法是：先用淡水或普通海水把容器或藻类池冲洗干净，再把容器或工具放入已配制好的高锰酸钾溶液(或漂白粉溶液)中浸泡5～10分钟，取出后用消毒过的海水冲洗干净即可使用。对藻类池的消毒，可用配制好的高锰酸钾溶液(或漂白粉溶液)由池壁顶部淋洒下来，并泼洒池底，过10分钟左右用消毒过的海水冲洗干净即可使用。
三、加大各级培养中的接种比例
一般藻种级培养接入的藻种与新培养液的比例为1∶0.5～1，中间培养或大面积培养，它们的比例为1∶3～6，这样藻液中可繁殖的单胞藻个数多，培养液中藻类增长速度快，缩短了培养时间，相对减少了污染。另一方面也利用了生物间的拮抗作用，增大了培养液中藻种的浓度，来抑制其他杂藻及敌害生物的繁殖，减少藻液被污染的可能性。
四、接种时间
接种时间一般选择在上午8：00~10：00之间进行，不宜在晚上接种，因为晚上不少藻类沉在底部，而白天藻类进行光合作用，趋光上浮，便于观察其运动能力，还可起到选种的作用。
五、日常管理中应注意搅拌
搅拌可促进藻类的生长繁殖，其作用主要是：
第一，通过搅拌增加水和空气的接触面，以补充由于藻类光合作用对二氧化碳的消耗；
第二，帮助沉淀的藻类细胞上浮而获得光照；
第三，防止水表面产生菌膜。搅拌要定时进行，且时常更换方向，以免造成漩涡式水流。同时搅拌不要太猛，防止藻液溅出。
光照调节光照适合与否，对培养藻类的生长关系很大，目前生产单位都是利用自然光培养，但易变，所以，在培养管理中，必须根据天气情况，调节光照强弱，力求光照强度尽可能适合于培养藻类的要求。晴天藻类室用白色的确良布作布帘遮光，防止直射强光照射；雨天光照最差，要把培养瓶尽量靠近窗口，有条件的可利用人工光源照射。
温度调节每一种藻类都有其适应温度范围和最适温度范围，但目前绝大多数单胞藻的培养还不具备控温条件，只能顺从自然温度的变化，在不同季节选择能适应或基本适应当地温度变化条件的培养种。
一般高温对藻类生长不利，在夏天进行室内培养须把门窗打开通风降温。
六、敌害防治
在单胞藻的培养中，敌害生物的污染和危害是造成藻类培养失败的主要原因。对敌害生物应“以防为主，防治结合”，尽可能减少其危害。预防措施预防应贯穿在藻类培养过程的各个环节。
首先，力求藻种及营养盐的纯度，控制源头污染；
其次，海水须经严格过滤消毒，器具及藻类培养池也需严格消毒，同时加大接种比例，抑制其他杂藻及敌害生物的繁殖，减少藻液被污染的可能性；
再则，在日常管理中，保持藻类室的干净卫生，以防灰尘及昆虫等的污染。
消除、抑制或杀灭敌害生物方法：
一是使用过滤方法清除大型敌害生物。单胞藻都很小，对污染的大型敌害生物(如轮虫等)，可以用过滤方法清除。通常清除轮虫可用网孔小于60微米的筛绢过滤，经一次过滤可以清除轮虫的成体，而轮虫卵和正在发育的幼小个体不能完全清除，所以必须连续过滤3天，每天1次。待第一次过滤后存留下来的卵和幼小个体发育成长为成体后，在第二次或第三次过滤时清除掉。
二是使用药物抑制或杀灭敌害生物。用于抑制或杀灭敌害生物的药物，有化学药品和中草药两大类。但往往由于敌害生物对药物的抵抗力比培养藻类强，效果不理想。目前，有效的药物方法还不多，药物杀灭敌害生物虽然取得一些初步效果，但还需进一步试验。
三是改变环境条件杀灭敌害生物。使用此法必须了解培养的藻类和敌害生物对生态因子的适应范围，然后根据具体情况，改变某一环境因素，达到杀灭敌害生物而又保存培养藻类的目的。
