如果肠内有益菌菌群占优，肠内黏膜呈现粉红色，表示肠内环境相当良好。
1、吸收水分，粪便较软，较易排泄
在胃部分解消化的食物，经由小肠吸收营养后，成为粘稠状物体送至大肠。然后再经过18小时将水分及矿物质吸收，就变成容易排泄的粪便。肠道内环境良好时，粪便的软硬适中，排便会较为顺利。
2、缓和的蠕动，能顺利将粪便排出
藉由肠的蠕动，将粪便缓慢的推送至肛门。如果蠕动过快或太慢，都将影响粪便的构成，导致便秘或者腹泻。而如果肠内干净，则蠕动的速度就相当的有规律，粪便可顺利排出。
3、有助维他命的合成
比菲德氏菌等好菌能维护肌肤的健康，并具有合成有助热量产生的维他命B1、B2及B6等，以及与止血、骨骼形成有关的维他命K等之功用。健康的肠道，好菌会不断繁殖，维他命的合成也可顺利进行。
4、迅速排出有害物质
健康的肠道并非完全没有坏菌的存在，有害物质多少会产生。当然还包括，吃进体内的食品化学添加物或是无法成为营养成分的物质。只要肠内环境良好，这些物质在开始危害身体前就被排出体外。
5、避免病原菌的侵害
比菲德氏菌等好菌可以刺激并提高身体的免疫机能，而且易引起食物中毒等病原菌因具怕酸特质，所以像是含有好菌的乳酸饮料或健康食品等，都可抑制病原菌在肠内繁殖。
肠道有益菌菌群除了以上功能之外，对人体还有营养作用，如糖尿病、高血压、高血脂等。B族维生素和非必需氨基酸对人类的毛发具有重要的作用，当缺少这些营养元素，会导致头发脱落或毛发发黄、发叉，容易折断等现象。
摘要：相关研究或能帮助研究人员开发新型改进型的益生菌，这种益生菌或能优化定殖到肠道菌群的能力，同时还能以生物被膜的形式与宿主建立联系来帮助宿主抵御感染性疾病的发生。
肠道菌群，人体肠道的正常微生物，如双歧杆菌，乳酸杆菌等能合成多种人体生长发育必须的维生素，如B族维生素（维生素B1、B2、B6、B12），维生素K，烟酸、泛酸等，还能利用蛋白质残渣合成必需氨基酸，如天冬门氨酸、苯丙氨酸、缬氨酸和苏氨酸等，并参与糖类和蛋白质的代谢，同时还能促进铁、镁、锌等矿物元素的吸收。这些营养物质对人类的健康有着重要作用，一旦缺少会引起多种疾病。
人体肠道内寄生着10万亿个细菌，它们能影响体重和消化能力、抵御感染和自体免疫疾病的患病风险，还能控制人体对癌症治疗药物的反应。
研究者Nathalie Juge表示，我们利用罗伊氏乳杆菌（Lactobacillus reuteri）作为模型来研究肠道微生物菌群如何适应宿主机体，罗伊氏乳杆菌是许多不同动物机体中最常见的一种肠道菌群。
此前研究人员发现，细菌能够利用一种关键蛋白吸附到肠道组织表面，这种蛋白名为富含丝氨酸的重复蛋白质（Serine Rich Repeat Protein，SRRP），其是一类黏附素，主要参与致病菌的感染及生物被膜的形成，当一群微生物菌落聚集在表面时就会形成生物被膜；研究者还发现，SRRP还能在非致病性的细菌细胞中产生，比如乳杆菌属细菌，其对于小鼠肠道中生物被膜的产生至关重要。
这项研究中，研究人员通过研究获得了特殊的结构和生化信息，即阐明了黏附素如何与宿主结合，同时研究者还鉴别出了用来结合的特殊区域的特点，通过计算这些特征的结构并且运行计算机模拟技术，研究人员发现，SRRP与肠道组织的结合区会依赖于pH而经历构象的改变，这或许会影响其结合肠道中不同组分的能力。
当肠道中的pH随着系统的变化而产生改变，并深入到肠道内的粘液层时，细菌或许就会利用部分机制来适应肠道内部的环境；如今研究人员已经鉴别出了有益细菌同肠道之间的关联，基于本文研究结果，未来研究人员有望开发出一种新型策略来帮助抵御病原体生物被膜的形成，同时也能够设计出新型的益生菌来适应宿主，帮助促进宿主的机体健康。