标准菌株管理程序是食品检验检测机构的程序文件中必备的文件，目的是对微生物标准菌株的购买、验收、复活、确认、传代、保存、使用、销毁等进行规定，确保标准菌株符合要求，保证检测结果，使菌株管理规范化。适用于微生物实验室所有的菌株管理。 产生不符合项所体现的原因很多，而产生问题主要原因表现在：
（1）实验人员对标准菌株的基础知识薄弱，自身意识上也不重视；
（2）实验室相关的内部培训少，技能动手操作少；
（3）实验监督人员监督力度不足，不能充分发挥把关的作用。
根据上面提到的三点因素，易导致以下问题的出现：
1、标准菌株购买不当，易混淆标准菌株与质控菌株，或者缺少标准菌株的检测证书，无法溯源。在面对这次情况时，应先理清标准菌株的概念，清晰标准菌株的采购渠道。每支菌株必须要有可溯源的材料。
2、标准菌株的标识信息不够全面，漏基本信息，导致记录追溯不清晰。标识内容应包含菌株名称、编号、传代次数、传代时间、传代人。
3、保存菌株的传代周期跟不上，易导致2-8℃保存的菌株或常温存放的菌株出现老化、变异、污染等情况，造成菌株的保存与使用不当。产生的主要原因是菌株管理人员对菌株的管理基础弱，不清楚菌株的要求。副溶血性弧菌、铜绿假单胞菌等在室温下储存，其余菌株在2-8℃的冰箱储存，储存期限为3个月。必须在三个月内进行工作菌株的转接传代。工作菌种传代次数不能超过五代。
4、菌株销毁不及时，实际工作与销毁记录对不上，高压灭菌时要用化学指胶带对灭菌效果进行验证，确保菌株已失活。这需要检验人员在意识上对菌株的规范操作引起重视。
5、标准菌株的期间核查不到位，核查的菌株较少，无法实际监测到实际使用时的菌株。本公司采用的标准菌株期间核查的方法：从-80摄氏度冰箱中取出标准储备菌株在40℃的水中溶解，迅速倒入配好的已灭菌的液体培养基中，在适宜的温度下培养，24h后划线分离。将长出的菌落用生化鉴定仪或生化鉴定管进行鉴定。期间核查的频率：每半年对使用标准菌株进行一次期间核查。
综上所述:对实验管理人员的培训和技能操作至关重要，做好标准菌株的管理程序是需要融合到日常的实验和记录中的，只有做好日常工作和记录，才不至于在关键时刻不知所云。