一、乳品中微生物的种类
常见的微生物包括：细菌、酵母菌、霉菌等三大类。
1.1 细菌
乳品中常见的细菌重要有沙门氏菌、大肠杆菌、蜡状芽孢杆菌、李斯特菌、乳杆菌、链球菌等。
1.2 酵母菌
乳品种常见的酵母菌有汉氏酵母、脆壁酵母、假丝酵母、原酵母属等。
1.3 霉菌
乳品中主要霉菌有毛霉、根霉、曲霉等，大多霉菌属有害菌。
二、乳品微生物的入侵途径
微生物具有极强的适应能力，尤其是生鲜牛乳中微生物会按照外部条件变化而产生相应的变化，其数量会受到一定的影响，乳品的加工和销售环节是除了贮藏和运输等基本环节外，最易受微生物污染的环节。因此也可以说微生物污染是无处不在的，也并不夸张，微生物入侵乳品的方法也是各种各样的。
三、乳品微生物的防治措施
3.1.1 控制牛体、牛舍、周边环境的卫生，建立和实施挤奶机械、输奶管线及储奶设施的清洗消毒管理制度和卫生验证程序。保证外界环境对牛奶不会造成严重污染。
3.1.2 落实奶牛每年的两疫检疫及奶牛的日常体检，确保奶牛的健康，避免牛乳中含有微生物毒素（主要来源是牛患有化脓性乳房炎，使得细菌在牛乳中繁殖产生霉素或者是牛食用了霉变的饲料使得乳中含有黄曲霉毒素）。奶牛饲料不得腐烂，细菌总数不得过高，不含或少含致病菌，不含毒性化学物质，不含放射性物质等。
3.2.1 牛乳挤取后立即过滤到经消毒的容器中，并迅速冷却至4℃以下，减少牛奶后期微生物增殖及污染。
3.2.2 牛奶在储存期间可适当搅拌，杜绝激烈搅拌，减少牛奶中空气含量。
3.2.3 运输中要尽量减少颠簸、牛乳剧烈晃动而致使牛乳温度上升，牛乳最高温度不能超过8℃。
3.2.4 牛乳挤出后应在十二小时内运送到工厂加工。
3.2.5 运输途中，尽量避免外源性污染。
3.3.1 减少生鲜牛乳的存放时间，及时进行净乳、巴氏杀菌，耐热芽孢总数应控制在100 CFU/每毫升以内。
3.3.2 合理设定UHT灭菌机组的灭菌参数，既要保证灭菌效果又要保证营养成分损失最小.
3.3.3 尽量减少添加剂中的芽孢菌总数，对添加剂中芽孢含量较高的产品要进行预杀菌，如生产巧克力牛奶时，要对巧克力粉（块）进行预杀菌。
3.3.4 经常检查用于包装或管线消毒的化学消毒剂浓度是否足够（如双氧水，浓度要求在30%--50%），消毒剂对包材内表面必须涂抹均匀且侵润良好，包装材料在存放过程中应密封贮存以免微生物污染，确保CIP清洗效果良好。
3.3.5 监控和保持罐装过程中的无菌环境不受破坏。
3.3.6 包装过程中，按设备操作要求抽检包装的封口质量，避免因封合质量不合格，导致外源性微生物后期污染。
牛奶一般采用多层复合材料包装，该材料具有隔光隔氧及防水的功能，但机械强度较弱，因此对此产品而言，储运过程中要防止碰撞挤压，减少对包装材料的机械损伤。