茶薪菇菌袋受杂菌污染后，营养基遭受破坏，严重时基质霉变发臭，菌丝解体，整批报废，致使菌袋成品率严重下降。常见污染菌袋的杂菌有绿色木霉、链孢霉、毛霉、曲霉、青霉、酵母菌等。
杂菌污染原因剖析
在茶薪菇菌袋生产过程中，导致杂菌污染的因素有诸多方面，操作管理不当是其中主要原因：
1、基质酸败
常因原料不好，木屑、麦麸结团，霉烂变质，有的因配料含水量过高，拌料、装袋时间拖长，为附着在原料中的细菌、杂菌等孳生提供了条件，因而引起发酵酸败。
2、料袋破孔
茶薪菇栽培袋多采用塑料袋装料。培养基中原料粗条装袋时刺破料袋、袋头扎口不牢而漏气、灭菌卸袋时检查不严、袋头纱线松脱未扎、气压膨胀破袋又没贴封破口等，都会引起杂菌侵染。
3、灭菌不彻底
料袋培养基排列不合理、蒸汽无法循环流动、受热不均匀或有死角、中途停火突然降温、灭菌时间没达标就卸袋等，都难以达到彻底灭菌。
4、菌袋不纯
母种或原种老化，接种前菌袋又没做预处理，抗逆力弱，萌发率低，容易被杂菌侵染。有的菌袋本身带有杂菌。
5、接种室条件差
有的接种室（箱）密封性不好，加之有的药物掺杂使假，有的失效。接种人员把杂菌带进无菌室内。接种后没有清场，没有通风换气，造成"病从口入".
6、养菌场所差
菌袋培养室周围靠近厕所、畜禽舍和食品酿造的微生物发酵工厂；排袋场所简陋，空气不对流，二氧化碳浓度高；培养场地潮湿；翻堆检杂时拣出的污染袋没有及时处理，到处乱扔，造成环境污染。
7、检杂处理不彻底
翻袋检杂马虎，虽已发现有杂菌斑点侵染或菌袋被虫、鼠咬破，如不及时处理，杂菌蔓延很快，互相传播，会导致成批菌袋遭受污染。
控制污染关键措施
1、净化环境
严格按照无公害环境卫生条件消毒处理，培养室、冷却室应与原料仓库、菇房、配料场保持一定距离，周围环境应尽量清除污染源。对畜舍禽棚、化粪池、污水坑、垃圾场、废料堆等必须做好日常的卫生清洁和定期消毒。
2、原料把关
原料要求不霉烂变质。配方要按规定比例。培养料配制后要尽快装袋，间隔时间越长，越易引起杂菌污染。
3、彻底灭菌
高压灭菌以147.1千帕保持2小时，常压灭菌要求4小时内温度达到100℃后，持续不低于16～18小时的灭菌时间，中间不降温。
4、菌种纯化
菌种从母种到原种、再到栽培种的繁殖过程，都要严格执行无菌操作规程。认真检查质量，菌袋纯度达到100%方可使用。
5、严格操作
接种室、接种帐、接种工具、接种人员的手臂等都要严格消毒。接种动作要快，达到快解袋、快接种、快扎口。同一批菌袋未接完，人员不要进出接种室。
6、科学管理
发菌室干净清洁，做好消毒杀虫。菌袋摆放于菌室后，空间湿度不能超过70%,室温要控制在25℃左右，不超30℃，高温高湿易引起杂菌发作。加强通风和换气，注意避光。
7、及时处理
一旦发现杂菌污染，受污染的菌袋及时搬离培养室，无论污染面大小，一律淘汰，不得保留。