引起棉铃僵硬、腐烂的病害统称棉铃病害，主要有疫病、炭疽病、红腐病、黑果病、红粉病、曲霉病、灰霉病等。秋季雨水多的年份部分种类的铃病发生重。
发生规律 棉花结铃期低温多雨，特别是8—9月连续阴雨，田间湿度大，郁蔽、通透性差的棉田易发病，大水漫灌、积水会加重病情。害虫取食造成的棉铃伤口，有利于病菌侵入。台风多、虫害重、伤口多、迟栽晚发、后期偏施氮肥的棉田发病重。
田间诊断 （1）疫病。多发生在中下部果枝的棉铃上，苞叶下的果面、铃缝及铃尖等部位最先发病。先出现淡褐、淡青至青黑色水渍状病斑，湿度大时病害扩展很快，整个棉铃变为光亮的青绿至黑褐色病铃。湿度大时，棉铃表面可见稀薄白色霜霉状物，即病菌的孢囊梗和孢子囊。青铃染病，易腐烂脱落或成为僵铃。（2）炭疽病。铃部病斑初为暗红色小点，逐渐扩大并凹陷，中部变为灰褐色，上附着橘红色黏性物，病铃腐烂后形成僵瓣。（3）红腐病。铃部病斑形状不规则，外有红粉，重病铃不开裂成为僵瓣。（4）黑果病。主要在铃尖、铃壳裂缝及铃基部发病，病斑初期为墨绿色水渍状小点，之后迅速扩展，呈黑褐色腐烂状。病部表面产生粉红色或粉白色霉层，致密而薄，后发展为全铃受害，铃变软，铃壳呈棕褐色，僵硬不开裂。铃壳表面密生突起的小黑点，即病菌分生孢子器。发病后期铃壳表面布满煤粉状物，棉絮腐烂成黑色僵瓣。（5）红粉病。病铃布满粉红色绒状物，厚且紧密。湿度大时变为白色绒状物，进而整个铃壳表面生长松散的橘红色绒状霉层，即病菌分生孢子梗和分生孢子，霉层比红腐病厚。病铃不能开裂，形成僵瓣，僵瓣上也长有红色霉层。（6）曲霉病。只侵染棉铃。感病初期棉铃裂缝、虫孔和伤口处产生水浸状黄褐色斑，后产生黄绿色或黄褐色粉状物填满铃缝，造成棉铃不能正常开裂。湿度大时长出黄绿色或黄褐色绒毛状霉，即病菌分生孢子梗和分生孢子，使棉絮受污染或干腐变质。（7）灰霉病。受害棉铃表面长有灰色绒毛状霉层，严重时棉铃干腐。该病通常发生在疫病、炭疽病侵染过的棉铃上。
防治技术 （1）加强田间管理。合理密植，降低田间湿度。避免过多、过晚施用氮肥，防止棉株贪青徒长。雨后及时开沟排水，中耕松土，去空枝、抹赘芽、打老叶。尽量减少棉铃损伤，避免病菌侵入。及时清除田间枯枝、落叶、烂铃等，并集中烧毁，减少菌源。（2）及时防治铃期害虫，减少虫害伤口。（3）发病初期用50%多菌灵可湿性粉剂800～1000倍液，或58%甲霜·锰锌可湿性粉剂700倍液，或64%锰锌· 霜灵可湿性粉剂600倍液喷雾，过7～10天再防治一次。注意交替使用不同类型的农药，延缓病菌抗药性的产生。