食用菌同其他生物一样都需要摄取一定的营养物质。属异养性生物，自身不能合成养料，而是通过菌丝细胞表面的渗透作用，从周围基质中吸收可溶性养料的。不同种类的食用菌摄取营养的方式不同，一般可分为腐生性、共生性、寄生性三种类型。
（一）腐生类型 大部分食用菌属此类。他们以营腐生生活为方式，从正在分解或已经死亡的植物体以及无生活力的有机体上吸收养料，可分为木生型、土生型、粪草生型三个生态群。木生型食用菌主要生长在枯立木、倒木、树桩及断技上。土生型食用菌多生长在森林腐烂落叶层、牧场、草地、肥沃田野等特定生长场所。粪生型食用菌多生长在腐熟堆肥、厩肥以及腐烂草堆或有机废料上。目前，进行商业性栽培的菇类几乎都是腐生性菌类，但在实际生产中要根据它们的营养生理来选择合适的培养料。
（二）共生类型 这类食用菌不能独自在枯枝腐木上生长。它们需要的营养必需由活的松树等植物来供给，由于植物和这些食用菌在营养上彼此有益，因此称为共生菌。如菌根菌就是菌类与高等植物共生的代表，大多数森林蘑菇都是这种菌根菌。在食用菌中，不少种类能和高等植物、昆虫、原生动物或其他菌类形成相互依存的共生关系。菇类菌丝能包围在树木根毛的外围形成伪柔膜组织，称为外生菌根，一部分菌丝可延伸到森林落叶层50厘米处，能帮助树木吸收土壤中的水分和养料，并能分泌激素、刺激植物根系生长；树木则能为菌根菌 提供光合作用所合成的碳水化合物。块菌科、牛肝菌科、口蘑科、红菇科、鹅育菌科的许多种类都是菌根菌。它们常和一定树种形成共生关系。法国在橡树林接种黑孢块菌、日本在赤松林接种松口蘑。在热带和亚热带有近百种蚂蚁能栽培蘑菇，这是昆虫与菌类共生的一种自然现象。我国的鸡队菌就是与白蚁共生的食用菌。高等真菌之间也存在共生现象，金耳的子实体就是金耳与粗毛硬革所构成的复合体，银耳和阿氏碳团共生。
（三）寄生类型 这类食用菌是完全寄生在活着的寄主主，从活着的寄主细胞中吸取养分。这种营寄生生活的种类非常稀少，大多数是兼性寄生类型，即兼备上述两种类型，它们既可以在枯枝、禾草上生长，又能寄生于活的植物体上。如蜜环菌，它既能像香菇那样在枯木上繁殖生长，又能侵入到天麻等植物的根内营寄生生活。多年层孔菌和层孔菌，都是寄生性菌类；能引起树木的白色腐烂。食用菌的营养生理类型虽然不同，但归根结底，它们都是从基质中摄取碳源、氮源、无机盐和维生素等营养物质。