近几年家蚕真菌病在中晚秋蚕期偏重发生，主要是此时气候适合真菌增殖，如遇多雨天气，气温在25℃、空气相对湿度90％左右，真菌孢子极易发芽。部分共育室对小蚕饲养往往只注意保温保湿，而忽视蚕室通风换气和蚕座蚕体施药，在稚蚕期即会发生僵病，重则往往损蚕一半以上。若忽视桑园秋季治虫，使桑螟、野蚕、桑尺蠖等鳞翅目桑树害虫发生僵病后，其真菌孢子即附着在桑叶上，或由人体带入室内，对家蚕造成交叉感染，使蚕发病。家蚕真菌病在中晚秋蚕发生主要是白僵病、黄僵病及绿僵病，尤其是白僵病较为普遍。其主要防治方法：
严格消毒 秋蚕饲养前，蚕室内彻底打扫，使用1％有效氯漂白粉液进行消毒，蚕具用1500倍的防僵灵2号或100倍的优氯净溶液进行浸渍消毒。蚕室周围堆放的坏旧蔟具、蚕沙及污物，须彻底清除，地面铲土或用清水冲洗，杜绝真菌孢子在蚕室内外的留存。
及时施药 及时使用防僵药剂能有效地防止真菌孢子侵入蚕体寄生。如僵病发生量较多，每天早、晚各使用一次漂白粉防僵粉或“灭僵灵”等药剂进行蚕体蚕座消毒；如发病量较少，每天使用一次，直到不见僵病为止。亦可采取熏烟法，待蚕吃净桑叶，做好蚕室密闭，使用优氯净或福尔马林等熏烟剂进行熏蒸，优氯净每立方米1－2克，福尔马林每间蚕室0.75－1公斤。熏后密封1小时左右，以利杀灭真菌孢子。
改善环境 蚕座切忌多湿，应及时除沙，使用新鲜石灰粉、焦糠或干碎稻草等干燥材料撒于蚕座内，蚕具勤曝晒，以抑制僵病孢子发芽。炕床育及薄膜覆盖育，喂蚕前半小时应开门窗和揭开薄膜通气。中晚秋蚕期，白天和晚上温差较大，应防止温度激变，蚕座周围水气凝结，亦能助长发病，因此应注意升温排湿和通风换气，改善饲养环境。
防治虫害 中晚秋蚕饲养前7－10天，使用80％敌敌畏乳剂1500倍液喷洒桑树，杀灭桑树鳞翅目害虫。养蚕期可使用1000倍的消毒净溶液或0.3％有效氯漂白粉液喷洒桑树，进行叶面消毒。另外，发现病蚕立即拣出，集中烧毁，不可乱丢，防止真菌孢子扩散；抓过僵死蚕的手要及时清洗消毒，防止感染健蚕；发生僵病的蚕沙，切忌堆放在蚕室内外，应随即远离蚕室沤制发酵；除沙动作要轻，防止灰尘飞扬；地面摊放塑料薄膜也要除沙，以防止真菌孢子散落于地面。