根据莲藕对水位的适应性可分为浅水藕和深水藕两种生态类型。浅水藕适合水位10～20厘米，最大耐水深度30～50厘米。深水藕适合水位30～50厘米，最大耐水深度1～1.2米。
浅水藕水层管理总的原则是：前浅、中深、后浅。在栽藕后到立叶出现时的萌芽生长期，应保持浅水，以提高土温，促进发芽。一般是以保持4～7厘米深的水层为好，随着立叶的出现，莲藕茎叶生长逐渐转旺，水层要逐渐升高到12～15厘米。当终止叶出现后，表明开始结藕，水层要逐渐降低到4～7厘米，促进结藕。深水藕的水位不易调节，主要是防止汛期受涝，特别是立叶淹没后，应在8小时内紧急排水，使荷叶露出水面，以防淹死。
在莲藕生长过程中，尤其是浅水藕生长前期，水田内眼子草、牛毛毡、矮慈菇、三棱草、四叶萍等杂草较多，生长较快，影响莲藕生长，应及时除草。以前常采用人工中耕除草，工作量大，并且容易踩伤莲藕地下茎芽。如果采用化学除草，省工、省力，并且对莲藕无伤害。
近年来，通过试验摸索出了一些藕田化学除草安全有效的方法，正在生产中推广。
⑴选用50%威罗生乳油，在莲藕立叶高出水面30厘米时，取药100毫升，先拌5公斤尿素，再加5公斤细土，充分拌匀后，于露水已干时撒入田中。施药时，藕田保持水深7～10厘米，施药后保持水层一周以上，效果良好，药效期可达1个月以上。
⑵选用12.5%盖草能或者35%精稳杀得40毫升，加水40～50公斤，充分拌匀后，当露水干时对杂草叶面喷洒，经过4天，对杀死3～4叶期禾本科杂草效果显著。
莲藕在生长发育过程中所需要的营养物质，一方面来自莲叶的光合作用；另一方面来自于土壤，而土壤中原有的肥料有限，随着植株的生长发育会愈来愈少，尽管鱼的粪便和残饵可为藕提供一定量的养分，但与藕的生长需求相比是很少的，因此必须及时追肥。
莲藕生育期长，一般追肥2～3次。第一次在立叶开始出现时进行，中耕除草后，每亩施入人粪尿肥750～1000公斤；第二次追肥在立叶已有5～6片时进行，每亩施入人粪尿肥1000公斤左右。第三次追肥在终止叶出现时进行，这时结藕开始，称为追藕肥。每亩施人粪尿肥1500公斤、饼肥30～50公斤。
施肥应选择晴朗无风天气，避免在炎热的中午进行。每次施肥前放掉田水，以便肥料吸入水中，然后再灌水至原来的深度。在深水藕田中，肥料易流失，不能直接施用液体肥料，应采取固施肥料方法，即重施厩肥，并埋入泥中。追肥用化肥时，首先将化肥与河泥充分混合，做成肥泥团，再施入藕田。