在有机肥料中，有些肥料如人畜粪便常常带有各种病原菌、病毒、寄生虫卵及恶臭味等，有些肥源如杂草等常常带有各种病虫害传染体及种子等，因此用于无公害水果生产一般都要经过处理，使其无害化。
常用的有机肥料无害化处理有物理方法、化学方法和生物方法3种。但物理方法如曝晒、高温处理等，养分损失大，成本高；化学方法往往会带来新的有毒物质，在无公害生产中不能采用；目前有机肥无害化生产一般采用生物的方法，如EM堆腐法、发酵催熟堆腐法、工厂化无害化处理等。
一、EM堆腐法
EM是一种好氧和嫌氧有效微生物群，主要是由光合细菌、放线菌、酵母菌、乳酸菌等组成，具有除臭、杀虫、杀菌、净化环境、促进植物生长等功能，在农业和环保上有广泛的用途。用它处理人畜粪便作堆肥，可以达到无害化效果。处理方法如下：
按清水100mL、蜜糖或红糖20－40g、米酪100mL、烧酒（含酒精30-50％）100mL、EM原液50mL的比例制成备用液。将人畜粪便风干至含水量30-40%。取稻草、玉米秆、青草等，切成长1.5cm的碎片，加少量米糠搅拌均匀，作堆肥时的膨松物。
将稻草等膨松物与粪便按重量10:100混合搅拌均匀，并在水泥地上铺成长约6m、宽约1.5m、厚20-30cm的肥堆。在肥堆上薄薄地撒上一层米糠或麦麸等物，然后再洒上EM备用液，每1000kg肥料洒1000-1500mL。
按同样的方法，上面再铺第2层，每一堆肥料铺3-5层后上面盖好塑料薄膜发酵。当肥料堆内温度升到45-50℃时翻动一次，一般要翻动3－4次。
一般肥料中长有许多白色的霉毛，并有一种特别的香味时就可以施用。夏天处理时间7-15天，春天15-25天，冬天则更长。肥料中水分不能过多，否则会使堆肥失败，产生恶臭味。
二、发酵堆腐法
在没有EM原液时，可自制发酵粉代替，采用发酵堆腐法处理。方法如下：
1、发酵粉的制备。按米糠14.5％、油饼14.0％、豆粕13.0％、糖类8.0％、水50.0％、酵母粉0.5％的比例备料。先将糖类添加于水中，搅拌溶解后，加入米糠、油饼和豆粕，充分搅拌后堆放，在60℃以上的温度下发酵30-50天。然后用黑炭粉或沸石粉按重量1:1的比例进行掺和稀释，仔细搅拌均匀即成。
2、堆肥制作。将粪便风干至含水量30％-40%后，与切碎的稻草等膨松物按重量100:10混合，每100kg混合肥中加入1kg发酵粉，充分拌和均匀，然后在堆肥舍中堆积成高 1.5-2.0m的堆肥，进行发酵腐熟。在此期间，根据堆温的变化，判定堆肥的发酵腐熟程度。当气温15℃时，堆积后第3天堆肥表面以下30cm处的温度可达70℃。堆积10天后可进行第1次翻堆，翻堆时，堆肥表面以下30cm处的温度为60℃。再隔10天后，第3次翻堆时，堆肥表面以下30cm处的温度为40℃。当翻堆后的温度为30℃，水分含量达30％左右时不再翻堆，等待后熟。后熟一般3-5天，最多10天堆肥即制成。
三、工厂化无害化处理
如果有大型畜牧和家禽场，因粪便较多，可采用工厂化无害化处理。方法是先把粪便集中进行脱水，当水分含量达到20％-30％时，把脱水的粪便移入专门的蒸汽消毒房内，在80-100℃温度下，经20-30min消毒，杀死全部的虫卵、杂草种子及有害的病菌等。消毒房内装有除臭塔，臭气通过塔内排出。将脱臭和消毒的粪便配上必要的天然矿物，如磷矿粉、白云石、云母粉等进行造粒，再烘干，即成有机肥料。
其工艺流程如下：粪便集中→脱水→消毒→除臭→配方搅拌→造粒→烘干→过筛→包装→入库。通过有机肥的无害化处理，可以达到降解有机物污染和生物污染的目的。