控制霉菌污染，首先要了解霉菌的生长环境、污染食品的条件。在此基础上，方可以提出合理的防控措施，提高食品卫生质量。
一、霉菌的生长环境
1、生产车间的墙壁，比较潮湿部位容易生长霉菌。
2、加工设备存在冷凝水的管路、机壳等容易生长霉菌。
3、空气中所包含的水蒸气，在冷凝、液化时最容易产生霉菌，如车间中温度最低的 部位，含天花板、地面、设备表面、墙面等。
4、车间内无法保证正常换气，无法让车间湿度保持在55%情况下时，容易生长霉菌。
5、车间忽冷忽热，容易产生冷凝水的地方，容易遭到霉菌侵害。
6、离墙近的设备、制冷风机容易产生冷凝水，容易产生霉菌。
7、温度相对较低的车间速冻库门，请一直保持关闭状态。如果这些温度较低车间的 门没有关闭的话，那么旁边车间传过来的热空气涌进，就形成很高的湿度，从而在空气冷却的时候形成液化，容易生长霉菌。
8、车间的空调系统、净化管道系统等，其自身容易产生霉菌。
二、霉菌的生长习性
与霉菌的生长繁殖关系密切的有水份、温度、基质、通风等条件，为此，只有充分的了解霉菌的生长习性，才能为下一步控制霉菌提供理论依据.
水分的影响
| 水分活性 | 对霉菌繁殖的影响 |
| 0.98 | 最易繁殖 |
| 0.7~0.93 | 繁殖受到抑制,但仍能生长 |
| <0.7 | 繁殖受到抑制,但仍能生长 |
温度对霉菌的繁殖及产毒均有重要的影响，不同种类的霉菌其最适温度是不一样的,绝大多数霉菌繁殖最适宜的温度为25～30℃，在0℃以下或30℃以上，不能产毒或产毒力减弱。如黄曲霉的最低繁殖温度范围是6-8℃，最高繁殖温度是44～46℃，最适生长温度37℃左右。但产毒温度则不一样，略低于生长最适温度，如黄曲霉的最适产毒温度为28-32℃。
与其它微生物生长繁殖的条件一样，不同的食品基质霉菌生长的情况是不同的，一般而言，营养丰富的食品其霉菌生长的可能性就大，天然基质比人工培养基产毒为好.
三、霉菌污染食品的条件
1、通过包材的污染，如包装或罐装食品的包装袋、包装瓶、瓶盖等，若杀菌不彻底，则其残留的霉菌素则会直接污染食品。
2、空气中霉菌的二次污染，如空气中滋生的霉菌、人员走动时地面扬尘中含有的细菌、空调或新风管道中吹出的细菌等。
3、操作人员自身的二次污染，如手部消毒不彻底、不洁净衣物接触食品等。
4、设备、容器的交叉感染，如设备、容器清洗消毒不彻底，不按规定流程定期清洗等、消毒液选用不当或使用剂量不够等。
四、霉菌的控制措施
首先要保持生产车间的内部工具的清洁和卫生，注意对一些卫生死角进行严格的卫生清理和保持（每半月实施一次深度清洁）：如操作案面的背面，天花板、墙壁、制冷风机的卫生清理，清理卫生后所有的墙壁、天棚、设备、器具、案面表面要用酒精擦两遍以上，尤其注意清理制冷风机的散热片和冷气的出风口以及内部电机叶片，这是一个很容易忽视的角落。
对生产车间霉菌有控制，首先必须控制车间的温度和湿度，温度在24度以下，湿度在55％以下，因为过高的温湿度会促进霉菌的生长。
晚上工人下班后采用臭氧或紫外线对空气消毒，防止空气中滋生细菌累加到白天造成对产品不利，因为一个细菌在24小时内会繁殖成百上千甚至上百万细菌。
每天班前、班后对车间内部墙壁、风机、下水道、案面、手部、围裙套袖、预冷库和库门、速冻库门、包装室、工器具消毒间使用75%的酒精喷洒消毒，班中每2小时对风机、墙壁、下水道实施75%的酒精喷洒，杀灭霉菌。
人员的工作服、更衣室等，必须保持卫生清洁，定期清洗和进行紫外线或臭氧杀菌30分钟以上，防止人为造成霉菌的交叉污染（不可在有人情况下杀菌）。
保证车间排风机的正常运转，保证车间内部空气能够达到要求指标，空调的换气程度好坏直接影响到霉菌的产生。如果车间能保证及时将含有大量水份的空气排出车间，则极大程度缩小了可能存在霉菌的可能性。
若有条件的企业，建议在新回风管道内安装动态杀菌装置，防止管道内壁、过滤器及空调表冷器滋生细菌，给食品安全形成卫生隐患。
