近年来，全球经济一体化进一步加强，现代物流、电子商务、即时生产、零库存等新的管理理念和生产营销方式对传统的加工贸易产生了巨大的冲击。海关、企业积极合作，推进加工贸易监管模式的改革，已初步形成了一套与我国国情基本适应的加工贸易海关监管制度。
由于客观的历史原因，我国至今仍未出台一部关于加工贸易管理的行政法规，现行的加工贸易海关监管法规体系主要由《海关法》和一系列管理办法以及海关总署制定的规范性文件等三部分构成。从整个法规体系构成来看，加工贸易海关监管立法工作已明显滞后于业务的发展。《办法》在总结二十余年来海关加工贸易监管实践经验基础上，整合了现行加工贸易海关监管的有关规定，是加工贸易海关监管的最基本的管理办法。《办法》适应加工贸易不断发展变化的形势，明确了加工贸易海关监管的核心是加工贸易货物，引入了以企业为单元的管理理念，具有较强的前瞻性。
《办法》新在哪？
该《办法》对加工贸易业务进行了系统、全面的规定，涉及加工贸易备案、变更（包括展期）、货物进出口和加工、料件退换、外发加工、余料结转、深加工结转、核销等基本业务环节，是迄今为止关于加工贸易海关监管最为系统、最为完善的海关规章。
在强调原则性的同时，《办法》较好地解决了可操作性的问题。《办法》总结了海关监管的实践经验，本着既利于海关监管，又便于企业操作的精神，整合、规范了加工贸易海关的监管规定和措施。
《办法》突破了传统的思维，明确了海关监管的是加工贸易货物，而不是加工贸易合同。加工贸易手册，包括纸制登记手册和计算机电子帐册都只是海关监管的载体。允许货物在加工贸易企业、保税仓库（出口监管仓库）、海关特殊监管区域之间流动，同时对深加工结转、余料结转等形式进出口也做出了规定。
2000年修改的《海关法》第33条规定，加工贸易货物包括保税货物和先征后退货物。此次《办法》明确提出了“加工贸易”和“加工贸易货物”的概念，这在海关加工贸易监管法规体系中尚属首次。《办法》分别对保税和先征后退两种进口税收管理制度进行了规定。按《海关法》规定，企业经海关许可后可以对海关监管货物进行抵押、质押、留置等处置。考虑到加工贸易货物与其他海关监管货物不同，一旦发生抵押、质押、留置等情形，企业将失去对该批货物进行自主处置的能力，加工贸易合同将无法得到履行，海关监管受到影响，国家税收存在流失风险。因此，在《办法》规定，“加工贸易货物不得抵押、质押、留置。”
目前，我国加工贸易管理实行保税监管制度。从1995年开始，海关根据国务院规定，对加工贸易实行银行保证金台帐管理制度，有效地保障了国家税收（关税），但仍需进一步完善。《海关法》对海关要求企业提交担保的范围、方式已有原则性规定，因此，《办法》规定海关对加工贸易实行担保制度，规定了担保适用的有关情形，规定了担保的解除条件。
核查是加工贸易海关监管的手段，因此，《办法》明确了海关“核查”的法律地位，保留了海关对企业进行勘验、核查的权力，规定海关根据监管需要，可以对企业进行核查，企业应当予以配合。
加工贸易海关监管与企业管理密切联系，《加工贸易和保税监管改革指导方案》明确提出了：“将管理的着眼点从‘由物及人’转到‘由人及物’，关注的重点从货物转到企业与货物并重，建立健全‘四管’机制，重点放在企业自管”。《办法》在这方面也做出了原则性规定，要求加工贸易企业须经海关注册登记，按规定设置并向海关报送有关帐簿、报表和其他单证，为加工贸易监管模式改革提供了法律支持。
《办法》总结了海关监管的实践经验，根据国家有关政策规定，列举了加工贸易货物的进、出口途径，规定企业申报加工贸易货物进出口时应填制相应的加工贸易货物进出口专用报关单，规定企业报核时须向海关提交加工贸易货物进出口专用报关单。
