本品为乳白色至微黄色粉末，具有木瓜特有的气味,稍具有吸湿性。水解蛋白质能力强,但几乎不能分解蛋白胨，易溶于水,甘油,不溶于一般的溶剂,耐热性强。
可利用酶促反应，使食品大分子的蛋白质水解成小分子肽或氨基酸。用于水解动植物蛋白、制成嫩肉粉、水解羊胎素、水解大豆、饼干松化剂、面条稳定剂、啤酒饮料澄清剂、口服液、、酱油酿造及酒类发酵剂等。有效转化蛋白质的利用，大大提高食品营养价值，降低成本。有利于人体的消化和吸收。
1、食品工业：
利用木瓜蛋白酶的酶促反应，可把食品中大分子的蛋白质水解成易于吸收的小分子肽或氨基酸，广泛适用于如：鸡、猪、牛、海产品、血制品、大豆、花生等动植物蛋白酶解、肉类嫩化剂、酒类澄清剂、饼干松化剂、面条稳定剂、、酱油酿造及酒类发酵剂等，即可提高食品的营养价值，又可降低成本。
2、饼干行业：
降低面团湿筋度、改良面团可塑性及理化性质，同时使蛋白质大分子水解成短肽和氨基酸，从而有利于糖类和氨基类物质进行复杂的美拉德反应，使产品上色快，色泽悦目有油润光鲜感，疏松酥脆容比力大，断面网状结构明显，层次好；裂饼、碎饼率降低，饼形端正饱满不缩身，花纹清晰，饼面光滑；并且可以相应减少10％-25％的焦亚硫酸钠，从而减少SO2等有害物质的残留量，还可以矫正化学添加剂对饼干风味的影响，有效提高饼干产品的质量。
3、医药工业：
含木瓜蛋白酶的药物，如木瓜润喉片、木瓜肠溶片（胶囊）、木瓜含片，具有、利胆、止痛、助消化、提高免疫力等，进一步研究表明亦可用于检查红细胞表面及血型鉴别剂、治疗妇科病、青光眼、昆虫的叮咬等。
4、纺织工业：
羊毛的防缩：用木瓜蛋白酶处理过的羊毛，其抗张度比常规方法高，毛线手感柔软，舒适、抗
收缩、抗张强度等效果收缩性为0；还可用于蚕的脱胶和蚕丝的精炼。
5、皮革工业：
利用木瓜蛋白酶制成皮的脱毛剂，鞣制皮革，经本品鞣制的皮革，毛孔细致光亮。
6、饲料工业：
分解饲料中蛋白质成氨基酸，增加营养物质的渗出量，利于家禽对蛋的吸收和利用，同时补充动物内源酶不足，提高饲料利用率及降低饲料成本，增强食欲，进而促进动物生长，提高日增重及成活力，还可以作为蔬菜水果复合肥料的添加剂。
7、日化行业：
用于香皂、肥皂、洗涤剂、洗衣粉、洗手液等，衣物被血渍,牛奶,果汁,酱油油脂等污染后,如用普通洗涤剂,则一般很难消除这些污渍。如若在洗涤剂中加入蛋白酶可使汗渍,血渍容易除去，去污力强，除菌消毒、安全放心。
8、化妆品行业：
木瓜酶作用于人体皮肤老化角质层，促使其分解退化、去除达到嫩肤效果及促进细胞生长的效果，且木瓜酶水解物在皮肤表层形成一层氨基酸衍物薄膜，使肌肤保持润湿与光滑；木瓜酶易于与形成色斑的黑色素中的铜离子形成络合物，减少黑色素的形成和去除色斑的黑色素，且木瓜酶水解的三肽物质可直接抑制形成黑色素的酪氨酸活性、消除自由基作用，从而达到美白去斑的效果
9、 此外木瓜蛋白酶还可加入加牙膏、漱口水、牙粉等,可清洁口腔，除去牙垢和牙结石，与其它溶剂配合可制成隐形眼镜的清洁消毒剂以及感光胶片银的回收等。责权声明：
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