随着科学技术的进步，巴氏杀菌方法被广泛使用，而且现在产生了各种各样的巴氏杀菌法，如今被广泛应用于饮用牛奶的生产，通过该方式获得的产品不是无菌的，即仍含有微生物，且在储存和处理的过程中需要冷藏。
为牛奶的灭菌，既可杀死对健康有害的病原菌又可使乳质尽量少发生变化。也就是根据对耐高温性极强的结核菌热致死曲线和乳质中最易受热影响的奶油分离性热破坏曲线的差异原理，在低温下长时间或高温下短时间进行加热处理的一种方法。其中，在60℃以下加热30分钟的方式，作为低温灭菌的标准，早为世界广泛采用。利用高温处理，虽对乳质多少有些影响，但可增强灭菌效果。
巴氏杀菌机的工作原理：巴氏杀菌的原理是在一定温度范围内，温度越低，细菌繁殖越慢；温度适中，繁殖越快。但温度太高，细菌就会死亡。不过不同的细菌有不同的最适生长温度和耐热、耐冷能力。巴氏消毒其实就是利用病原体不是很耐热的特点，用适当的温度和保温时间处理，将其全部杀灭。但经巴氏消毒后，仍保留了小部分无害或有益、较耐热的细菌或细菌芽孢。
巴氏杀菌机的特性：可杀死牛奶中各种生长型致病菌，灭菌效率可达97.3%~99.9%，经消毒后残留的只是部分嗜热菌及耐热性菌以及芽孢等，但这些细菌多数是乳酸菌，乳酸菌不但对人无害反而有益健康。牛奶加热到75~90℃，保温15~16秒，其杀菌时间更短，工作效率更高。但杀菌的基本原则是，能将病原菌杀死即可，温度太高反而会有较多的营养损失。
