产碱杆菌属：革兰氏阴性棒状杆菌，但菌体着色时有时也显现革兰氏阳性反应，周身鞭毛，无芽孢，严格好气，化能有机营养型，大多营养简单。不能发酵糖类，但能产碱（特别是在石芯乳中）。不产色素，分布在各种腐烂物质中，并大量存在于原乳、食用家禽制品以及排泄物中。
沙雷氏菌属 ：革兰氏阴性、杆状、好氧，能分解蛋白质，有时能产生红色素，而不产色素的菌株则比较少见。液化沙雷氏菌是与食物中毒相关的最常见的菌株，能够引起冷冻蔬菜以及肉类制品的腐败。
弧菌属：革兰氏阴性，直形或弯曲形杆菌，极生鞭毛，兼厌气性，通常需要一定浓度的盐，可污染咸鱼咸肉，有几株菌株能够引起人体肠胃疾病或其他疾病。志贺氏菌属 : 杆状、不运动、无芽孢、无荚膜、革兰氏阴性，不能利用柠檬酸盐，能产酸但不产气。该属所有菌株都可存在于人体肠道中。
气单胞菌属：典型的水生革兰氏阴性棒状杆菌，极生鞭毛，兼厌气性。能发酵糖类产生大量气体。通常出现在鱼体中。
弯曲杆菌属：革兰氏阴性，弯曲成螺旋杆状，曾归入弧菌属，厌氧或微好氧 。梭状芽孢杆菌属：杆状，革兰氏阳性，形成的卵圆形芽孢使母细胞膨胀成梭状，厌气性。能分解糖产生多种有机酸、并产气，有的能产生毒素。该属包括许多菌株，有些会引起人体疾病。中温型，嗜冷型，嗜热型菌株都存在。
类芽孢杆菌属：这个新建立的属主要包括以前属于芽孢杆菌属以及梭状芽孢杆菌的菌株。
莫拉氏菌属：革兰氏阴性短杆菌。它们的新陈代谢是氧化性的，同时葡萄糖发酵过程中不产酸。
索丝菌属：革兰氏阳性、杆状，不产芽孢。对数期的细胞为棒杆状，而衰老后则为球状。通常存在于肉类以及冷藏温度下保存的肉类制品中。
柠檬酸杆菌属：革兰氏阴性、杆状、周生鞭毛，无芽孢，兼厌气性，能产酸、产气。所有菌株都能利用柠檬酸盐为惟一碳源生长，能存在于肠道中进行缓慢的乳糖发酵，有的种能引起食品腐败和人的肠胃炎。
肉杆菌属：革兰氏阳性、杆状，过氧化氢酶阴性。异型发酵，绝大多数能在0~45 。C生长。有些种能发酵葡萄糖产生气体。它们与乳酸杆菌的区别在于不能在醋酸盐培养基上生长，在代谢过程中能够合成油酸。通常存在于真空包装的肉制品或相关制品中。
棒杆菌属：棒杆状，革兰氏阳性，与部分蔬菜以及肉类制 品的腐败有关。是重要的嗜冷菌，但大多数菌株都是中温型。其中白喉棒杆菌能够引起人体白喉病。黄杆菌属：革兰氏阴性、杆状，在琼脂平板上或植物中能生成黄、红色素，极生鞭毛，可运动，好气或兼性厌气。有些菌株为中温型，有些是嗜冷型，与冷藏肉制品以及冷冻蔬菜的腐败有关。
交替单胞菌属：革兰氏阴性、杆状，能运动，严格好氧。大量存在于海洋或沿海水域中、以及海洋食品中。生长需要海水中较高浓度的盐。
哈夫尼菌属：革兰氏阴性、杆状，常存在于肠道中，可引起冷冻肉制品及蔬菜制品的腐败。其 DNA 中（G+C）的摩尔分数为48%～49%。
考克氏菌属：从微球菌属拆分出来的新属。DNA 中（G+C）的摩尔分数为66%～75%。
明串珠菌属：革兰氏阳性、不形成芽孢、球状、排列成对或成链状，兼厌气性。经常与乳酸球菌同时出现，是乳酸细菌的另一个属。过氧化氢酶阴性，异型乳酸发酵。
变形菌属：革兰氏阴性、杆状，常表现出多种形态，无芽孢，周生鞭毛，运动性强，兼厌气性，能产酸，通常存在于人体或动物的肠道内。有较强的蛋白质分解能力，是食品的腐败菌，可引起食品中毒。
肠球菌属：菌体呈卵圆形，单个、成对或短链状。该属至少有三个种不与D型抗血清发生反应。
肠杆菌属：革兰氏阴性，杆状，周生鞭毛，无芽孢。可引起食品腐败，它们是典型的人体生长所需要的肠道菌。
沙门氏菌属：革兰氏阴性，周生鞭毛、无芽孢，能以柠檬酸盐为唯一碳源，多数能产气，该属的所有菌株都能存在于人体的肠胃中。
希瓦氏菌属：革兰氏阴性，直杆状或弯曲杆状，不产色素，端生鞭毛。氧化酶阳性, DNA 中（G+C）的摩尔分数为44%～47%。常存在于海洋食品中。
欧文氏菌属：革兰氏阴性，杆状，无芽孢，周生鞭毛，常存在于肠道，它能引起植物性食品的组织软化和腐败，但不产酒精。
埃希氏菌属：革兰氏阴性，杆状，通常单个出现，周生鞭毛，可运动或不运动，好氧或兼性厌氧。能够引起由食物传染的肠胃炎。
微球菌属：革兰氏阳性，严格好气，无芽孢，过氧化氢酶阳性，球状。有些菌株能产粉红色、橘红色或红色色素，其它菌株则不产色素。大多数菌株都能耐高浓度的盐，绝大多数菌株为半自养型微生物，嗜冷。在奶制品、动物食品上存在较多，能引起食品腐败。
泛菌属：革兰氏阴性、无荚膜、无孢子，直杆状，大部分的菌株能够依靠周身的鞭毛运动。广泛分布在植物、种子、土壤、水及人体标本中。有些为植物病原体。
乳球菌属：革兰氏阳性，非运动型，过氧化氢酶阴性，球形 或卵形，单个、成对或链状，能在10 。C 下生长，但不能在45 。C 下生长。所有的菌株发生N型抗血清反应，并在发酵过程中主要产生L-乳酸。
片球菌属：球状，成对或四个相叠，不形成芽孢，兼厌气性或微好气性。同型乳酸发酵，产生右旋乳酸。DNA 中（G+C）的摩尔分数为34%～44%。常引起啤酒的腐败。
嗜冷杆菌属：球状，常成对，不运动、过氧化氢酶以及氧化酶阳性，好氧，不能发酵葡萄糖。但能在6.5%NaCl溶液和1 。C下生长，不能在35~37 。C下 生长。对青霉素敏感。
葡萄球菌属： 球形，排列呈葡萄状，革兰氏阳性，过氧化氢酶阳性，金黄色葡萄球菌是其中一个重要种，能够引起几种疾病，包括肠胃食物中毒等。
漫游球菌属：周身鞭毛，革兰氏阳性，过氧化氢酶阴性，能在10 ℃下生长，但不能在45 ℃下生长；能在4.5%NaCl溶液中生长，但不能在6%NaCl溶液中生长；不能在pH9.6下生长。通常存在于鱼类、粪便、水或食物中. 食品中常见的霉菌属概要（Synopsis of common genera of foodborne molds）：曲霉属 Aspergillus 毛霉属 Mucor 青霉属 Penicillium 根霉属 Rhizopus 木霉属 Trichothecium 地霉属 Geotrichum镰刀孢霉属 Fusarium曲霉属：形成分生孢子，常呈链状，表现出由黄到绿甚至到黑等不同颜色。通常存在于农村的火腿或熏肉中。其中有些菌株能引起油类的腐败。米曲霉和酱油曲霉能形成酱油发酵过程中的生产菌。其中有些菌株可产黄曲霉毒素，或赭曲霉素，或柄曲霉素。
毛霉属：菌丝体没有隔膜，所有菌株都没有假根或匍匐枝，菌落呈棉花状。主要存在于发酵食品、熏肉和许多蔬菜中。
青霉属：在食品上的特征颜色是蓝色或蓝绿色。有些菌株能产生真菌毒素。
根霉属：没有隔膜的菌丝体直立于匍匐枝或假根上。包囊梗由菌群中假根的生长点的匍匐枝末端产生。能引起苹果、梨、等的轻微腐败，并使这些水果变成液状。
枝霉属：在枝状结构的高处产小型孢子囊。
木霉属：菌丝体有隔膜，具有瘦长简单的分生孢子。玫瑰木霉是该属中唯一于食品有关的菌株。
交链孢属：菌丝体有隔膜，产棕色分生孢子。分生孢子具有十字形或纵向隔膜，形状多样。能够导致苹果、无华果等水果褐变，甚至腐烂。同时，这些菌株也能引起茎杆腐烂与柑橘类植物的腐烂。有些菌株能够产真菌毒素。
短柄霉属：菌株生长前期出现类酵母菌菌落，然后向四方扩展产生黑色斑点。它们与长期储存的牛肉形成的黑色斑点有关，通常存在于小虾、水果以及蔬菜中。
丛梗孢属：产生粉红色、灰色、棕褐色分生孢子，它们能引起桃子等核果产生褐变甚至腐烂。
葡萄孢属：瘦长形，产生多种颜色的分生孢子。菌丝体有隔膜，细胞顶端产灰色或黑色分生孢子，有时产不规则菌核。它们与苹果、梨、草莓、葡萄以及一些核果的霉变有关。
丝衣霉属：能耐较低的Eh值。该属的许多菌株与食品的腐败有关。
镰刀孢属：大量产淡粉红色、红色、紫色、或褐色棉花状菌丝体，具有两端渐细的纺锭状隔膜及镰刀状分生孢子。它能引起柑橘类水果以及菠萝等腐败,对无花果有轻微的腐败作用。
地霉属：酵母状真菌，菌丝具有隔膜，繁殖方式为裂殖，可产生菌丝并形成节孢子。广泛存在于肉类及许多蔬菜中，可引起果蔬的腐烂。白地霉常存在于乳品中。
从梗孢属：产淡粉红色、灰色、棕褐色分生孢子，它们能引起桃子等核果类产生褐变甚至腐烂。 食品中常见的酵母菌属概要（Synopsis of common genera of foodborne yeasts）：酒香酵母属 Brettanomyces 假丝酵母属 Candida 德巴利酵母属 Dryptococcus有孢汉逊酵母属 Hanseniaspora 克鲁维酵母属 Kluyveromyces毕赤酵母属 Pichia 酵母属 Saccharomyces酒香酵母属：不产孢子，能在顶端发芽生殖，在有氧 的条件下能利用葡萄糖发酵产乙酸。它能引起啤酒、软饮料、腌渍品等的腐败，同时与一些啤酒以及淡色啤酒的后发酵有关。
假丝酵母属：大多数菌株存在于新鲜的碎牛肉或家禽中，最常见的菌株是热带假丝酵母。该属中一些菌株与发酵食品有关。
伊氏酵母属：该属的菌株能产假菌丝体，并进行多侧枝出芽生殖。它们在进行液体发酵时能够产生菌膜。
隐球酵母属：它们不产孢子，多侧出芽生殖。不能发酵糖，菌体为透明、红色或橙色，产节孢子。普遍存在植物、土壤、草莓以及其他水果、海洋鱼类、河虾及新鲜的水牛肉中。
有孢汉逊氏酵母属：葡萄酒酵母，两端出芽生殖，一般为柠檬形细胞。其子囊包含2~4个孢子。发酵能力强，但不耐高浓度乙醇。可引起水果的腐败。
伊氏酵母属：能够产生假菌丝体，并进行多侧出芽生殖。在进行液体发酵时能够产生菌膜。
克鲁维酵母属 ：这些产子囊孢子的酵母以多侧出芽生殖的方式繁殖，孢子的形态为椭圆形。
毕赤氏酵母属：酵母中的大家族。以多侧芽殖方式繁殖，子囊通常包含有4个椭圆球形子囊孢子，子囊孢子呈帽子状或火星状等。可能会形成假菌丝体和节孢子。在液体培养基中会形成膜。可以在橄榄盐水中生长，引起泡菜腐败。常作为真核基因表达受体。
红酵母属：细胞为球状或卵圆形，少数能形成假菌丝，以多侧出芽生殖的方式繁殖，不具有发酵性。能产生红色或黄色色素，常引起基质着色，有的产生高浓度的脂肪（50％～60％）。
酵母属：细胞呈球形、椭圆形或腊肠形，可形成假菌丝，以多侧出芽进行无性繁殖，有性繁殖为同性结合或异性结合，或有双倍体细胞形成子囊孢子，每个子囊形成1～4个子囊孢子。不发酵乳糖。为工业上常用的酵母菌。常存在于各种食品中，但很少引起腐败。
裂殖酵母属：这类产子囊孢子的酵母通过形成的十字墙侧枝分裂繁殖，可以产真菌丝和节孢子。4~8个的子囊为豆形，不出芽。常存在于水果和糖蜜制品中。
有孢圆酵母属：发酵能力强，含有辅酶Q-6，常存在于糖蜜制品中。
结合酵母属：繁殖方式为多侧出芽，形成的豆形囊孢子常常从子囊孢子中释放出来。大多数是单倍体，能强烈发酵糖。
丝孢酵母属：这类不产子囊孢子的氧化酵母以出芽方式和形成节分生孢子的方式繁殖。它们形成真菌丝，发酵糖的能力很弱，甚至没有。
