种蛋必须从非疫区、健康而高产的优良鹧鸪群中选择。畸形蛋、沙壳蛋、有裂纹暗伤的蛋都不能选作种蛋。灯光照蛋时，如发现散黄、蛋黄表面有血丝、蛋内容物变黑、气室歪斜或血肉斑等的蛋都不能作种蛋。要求鹧鸪种蛋呈长椭圆形，种蛋长径4.2厘米左右，短径3.1厘米左右；蛋重16克～25克，平均蛋重21克左右；蛋壳颜色呈均匀的黄白色，且布满大小不一的褐色斑点。
种蛋运输
指种蛋由种鹧鸪场运到孵化场或运到其他地方的孵化场。短距离运输时，要求种蛋不直晒太阳，不雨淋，不受冻，不剧烈颠簸。温度应不低于0℃，不高于30℃，运输时间越短越好。长途运输时，要注意包装，以免种蛋振动破裂而损失。一般可用木箱或硬实纸壳箱。首先用锯末铺垫好箱底，每层种蛋整齐摆平后铺上纸张，再用锯末铺垫上一层种蛋，待装满完毕后，用绳子小心系牢箱体即可。还可用旧报纸或其他旧纸将种蛋一个一个包起来装箱运输。夏季运输，要有防雨措施；冬季运输，要注意保温防寒。用于运输的种蛋最好是近1天～2天的新鲜蛋。
种蛋消毒
高锰酸钾溶液浸泡消毒法 将高锰酸钾配成0.01%～0.05％的水溶液（也就是在1000千克水里加入10克～50克高锰酸钾，充分搅拌，待完全溶解后呈浅紫红色）置于大盆内，将种蛋放入盆内浸泡2分钟～3分钟，并洗去污物，取出晾干即可。
碘溶液消毒法 将种蛋放在40℃0.1％的碘溶液（在1千克水中加入10克碘片和15克碘化钾，使之完全溶解，然后倒入9千克清水中，搅拌均匀）内，浸泡约1分钟，洗去污物，也可杀死蛋壳上的杂菌和白痢杆菌。
新洁尔灭溶液浸泡消毒法 用0.2％的新洁尔灭温水溶液（水温保持在40℃）浸泡种蛋1分钟～2分钟，捞出沥干。使用新洁尔灭，切忌将肥皂、碘、高锰酸钾、升汞和碱等物质掺入，以免药液失效。
福尔马林（甲醛）熏蒸消毒法 按每立方米容积用福尔马林（含40％的甲醛）30毫升、高锰酸钾15克的量准备药物。将称好的高锰酸钾预先放在一个瓷容器内（不能用金属容器，以免腐蚀。最好使用广口容器），容器大小应为福尔马林用量的10倍以上，然后按用量加入福尔马林，两种药物混合后即挥发出甲醛气体，密闭熏蒸20分钟～30分钟。消毒完毕后，打开通风孔，让甲醛气彻底消散。种蛋一旦入孵切忌用甲醛熏蒸消毒，自野外采集的种蛋也不要用甲醛熏蒸消毒。
福尔马林浸泡消毒法 将福尔马林（含40％甲醛）配成1.5％的溶液，种蛋在其中浸泡2分钟～3分钟，取出沥干即可入孵。要注意溶液温度应保持在40℃左右。
氯消毒法 将种蛋浸泡在含有活性氯1.5％的漂白粉溶液中3分钟，捞出风干后装盘。
紫外线消毒法 安装40瓦紫外线灯管，距蛋面约1米高，经照射（辐射）10分钟～15分钟后，即可达到消毒的目的。此法能提高种蛋的孵化率。