危害秋蘑菇的“三虫一病”是：螨虫、跳虫、菇蚊和有害疣孢霉。现将这些病虫害为害特点与防治方法叙述如下。
一、螨虫为害症状
发菌过程中，如发现菌丝有退菌现象，如绒毛状菌丝减少，索性菌丝增多，菌丝表层见到有粉红色发亮点，则为菇床出现螨头。当用放大镜所看到的范围内存在3~5只螨虫时，即达到防治指标。覆土后螨虫会随着菌丝向土面生长而和土面移动，集中于原基和菇柄基部取食，常造成根部光秃，无菌根，营养无法输送而萎缩致死。同时螨虫传播病菌和病毒，螨虫严重的菇房，各种病害也较严重。
二、跳虫为害症状
跳虫是杂食性昆虫，在大田和大棚内种植蘑菇，跳虫较多。常见的种类有灰白色的角跳虫和体型微小的黑角跳虫。跳虫即取食菌丝也取食菇体，常群集于菌褶内或菇盖上，将菇体咬啮成千疮百孔，造成菇体干缩死亡。尤其是黑角跳虫，虫子体细微，虫口密度大，极易造成毁灭性灾害。
三、菇蚊为害症状
秋季温度逐渐降低，较为适合菇蚊和菇瘿繁殖，尤其在粪肥丰富和发酵不彻底的培养料内，菇蚊和菇瘿数量庞大，以幼虫取食菌丝。降低产量，如菇蚊爆发，群体数量过大，也可引起毁灭性灾害。
四、有害疣饱霉症状
当菇菌丝在土中处于菌素形成期，原基分化期和子实体生长期间均可被有害疣孢霉侵染为害。菇体被害后表现畸形，菇柄膨大，菇盖变小，并附有白色绒毛状菌丝，后变褐，产生褐色液或病斑，菇体被害后产量和质量都遭受很大损失。
五、病虫害综合防治
在发菌中后期，培养料中虫口密度达到防止指标时，需及时用药防治，用药种类应选用高效底毒、对菌丝和菇体无伤害的农药。菇房条件好，密封性强，可用磷化铝熏蒸，每立方米3片(9.9克)密闭48小时。大多数菇房或棚地栽培的场所只能采用药剂喷雾防治，菇虫净是专用于食用菌杀虫杀螨的生物型药剂，具有内吸和胃毒作用，在虫口密度大时，用500倍喷雾;在覆土期发生虫害，可在覆土后结合重施调菇水时，在水中配入1000倍菇虫净;农第一潮菇生长期发生虫害，应在第一潮菇的高峰期过后，用菇虫净防治。用药前视菇房湿度停止浇水1~2天，使药剂能更快地吸收到菌床的深度，达到明显的杀虫效果。
当菇床上出现被疣孢霉侵染的病菇后，应停止喷水2~3天，保持床面干燥，及时摘除病菇并烧毁，待这潮菇过后，立即喷1000倍的多菇丰杀菌剂，结合补水，隔3天喷1次，连喷3次，可有效地控制土层内的病菌蔓延，同时注意控制空气湿度，加强通风。
在气温偏高的8月份，菇床内潜伏着较多的病虫菌源，当出过二潮菇后，遇到较高的温度时，病害和虫害常常爆发，防治时可将杀虫剂和杀菌剂同时混合后喷施，达到双管齐下的效果。