1、客户端版必须与国家中央服务软件（国家食品安全风险评估中心TraNetChina）相匹配，是国家、省级和地级食源性疾病监测分析与研究溯源的软件。它可以将基层疾控机构采集的致病微生物基因图谱数据进行数据管理、数据分析和数据网络共享。
2、中文版本，中文界面和操作提示，同时支持中英文双界面切换，方便业内技术人员准确、快捷地对食源性疾病数据进行比较筛查、分析研究、监测溯源。
3、指纹数据模块（Fingerprint Data Module）：处理电泳数据（包括凝胶电泳和毛细管电泳）、色谱数据、光谱数据等。
4、特征数据模块（Character Data Module）：处理特征字符数据包括抗生素敏感性实验数据、脂肪酸数据、微阵列芯片数据、酶活测试（API®, Biolog®, Vitek®）和代谢活性数据等。
5、序列数据模块（Sequence Data Module）：支持核酸和氨基酸序列的导入及分析，包括Sanger测序和二代测序数据（NGS），支持embl, gb, fasta等序列格式。具备多序列比对、进化树分析、染色体序列比对分析、序列信息注释、SNP分析、PCR引物设计、限制性内切酶酶切位点分析、开放阅读框自动查找等功能。
6、树状分析和网络推理模块（Tree and Network Inference module）：能对关系数据库中的多种实验数据进行聚类分析。
7、ID分析模块（Classifiers and Identification module）：即利用监督式学习对数据进行分类、数据库筛选、决策网络构建和菌种分类鉴定等。
8、基因组分析工具（Genome Analysis Tools Module）：基因组分析工具模块提供基因组和染色体比对分析、基因注释、wgMLST、wgSNP分析等功能。支持自定义二级分析框架（如cMLST、rMLST等）的构建。配合BioNumerics的表型分析插件，用户还同时可以获取分离菌的血清型、病毒性和耐药性等数据。
9、趋势类型数据模块（Trend Data module）
包括酶动力学研究、Real time-PCR、生长曲线分析数据等都属于趋势类型数据，BioNumerics内置了大量的数据曲线拟合模型，用户可根据实际需求选取相关模型，并设置相关参数，软件读取实验结果，对数据进行聚类、鉴定和统计分析。
10、数据挖掘模块（Dimensioning and Matrix Mining module）
此模块为用户提供高维分析交互视图，用户可以直接在视图择，添加或删除条目，将其它数据库字段信息显示为颜色或标签，差异特征关联等。其它还包括方差分析、多维尺度分析(Multi-Dimensional Scaling, MDS)、主成分分析（Principal Components Analysis, PCA）等。
11、全基因组图谱分析数据模块（Whole genome map data module）
全基因组图谱分析可以产生200-500个限制性酶切片段，且此技术不依赖于PCR以及序列信息，因此相较于PFGE产生的20个左右的条带可以提供细菌基因组结构上变化的信息，所以其可以识别同一爆发中相近亲缘关系非常近的菌株。
12、耐药分析插件（Antibiotics susceptibility plugin）：可以收集、上报导入耐药分析结果。
13、TraNetChina数据上报和审核插件：接入国家食源性疾病分子溯源网络（TraNetChina），各市级疾控中心或其他技术机构可与省级平台对接进行数据上报和比对分析；省级疾控中心管理员可以审核和管理全省数据，并可以将全省信息上报国家食品安全风险评估中心。
14、TraNetChinaCRS插件：无缝连接国家食源性疾病检测报告系统，获取国家食源性疾病监测报告系统中相关病例及标本信息。
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