木瓜酶是一种运用很广泛的植物蛋白酶，，安全无毒素，在食品加工业中应用广泛，属于食品添加剂，已在啤酒酿造和肉类嫩化等行业被普遍应用。
可利用酶促反应，使食品的蛋白质水解成小分子肽或氨基酸。可制成嫩肉粉、酒类澄清剂、饼干松化剂、面条稳定剂、口服液、保健产品。能有效地转化蛋白质的利用，降低成本，且能大大提高食品营养价值。可在啤酒生产中麦芽糖化时添加，提高a-氨基氮效果显著，有利于提高发酵水平，改善啤酒风味。
木瓜酶在食品加工业的应用
1、焙烤食品：将木瓜酶加入生面团中，可使面筋降解，生面团被软化后易于加工。并能提高饼干与面包的口感与品质。
2、啤酒酿造：木瓜酶对蛋白质有较强的分解能力，并能把水解物重新组合成类蛋白，是其它酶种没法比拟的。木瓜酶应用于啤酒酿造工艺流程中能降低麦芽用量，提高麦汁氨基氮（提供酵母生产氮源），促进发酵双乙酰的降解，使啤酒澄清防冻、阻止冷藏过程中啤酒冷浊形成，效果显著。
3、干酪：用于干酪素的凝结。
4、肉类的嫩化：木瓜酶将肉类蛋白质的大分子蛋白质水解为易吸收的小分子氨基酸和蛋白质。可广泛地应用于肉制品的精加工（制成牛排肉坯、鸡精等）、肉类的嫩化、处理老韧筋杂肉类等。
5、蛋与蛋制品：保证干燥性。
6、水产品的深加工：水解珍珠等。
7、淀粉糖工业：原料经液化后，加入木瓜酶，原料保温糖化。
8、木瓜酶在其它食品加工业中的应用，亦正在被广泛地研究与开发，如有人已经用木瓜酶来增加豆饼和豆粉的PDI值和NSI值，从而生产出可溶性蛋白制品及含豆粉的早餐、谷类食物和饮料。其它还有生产脱水豆类、婴儿食品和人造黄油；澄清苹果汁；制造软糖；为病人提供可消化的食品；给日常食品添味等。
木瓜酶在饼干生产中的应用简介
木瓜酶可以在饼干生产中的得到运用。除木瓜酶外，其它蛋白质水解酶也有助于饼干的生产。
生产硬饼干，宜用低蛋白含量的小麦面粉（WHEANT FLOUR）。这种低面筋指标的“软”面粉需要加的水要少一些才能得到一个较理想的揉性。由“硬”面粉制成的生面团，在滚辗和磋打时会趋于蜷缩，导致成品也有一定程度的皱纹，结构粗糙。
将“木瓜酶”加入生面团中，可使面筋降解，生面团被软化后易于加工。加入的酶量决定于放置的时间。生面团必须在加酶后15分钟内烘烤。酶的浓度太高或者放置的时间太长，都会使生面团的水分变多。
除了增进产品的质量外，使用木瓜酶还能减少对生面团必须的滚辗磋打，节约能源。
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