①原料肉来自缺乏卫生保障措施的个体屠宰户，肉中的微生物含量偏高；
②卤菜加工间的卫生环境差，空气中的细菌等微生物含量过高；
③肉品原料在运输和贮藏过程中受到微生物的严重污染；
④卤制品加工车间的面积偏小，存在加工设施不全、生熟交叉污染、原料不能被充分加热等问题；
⑤不洁空气的二次污染。
1、选用卫生质量良好的原料肉，采用流水方式加工，设定科学的卫生质量控制点，严格执行生熟隔离制度，避免交叉污染；
2、加工时要烧熟煮透，防止外熟内生，烧煮后应及时摊平凉透迅速冷却，以降低微生物的繁殖速度；
3、对生产设备专用器具和工作人员等都要严格消毒；
4、在原料肉的采购、运输、加工、贮藏和销售中，最好配备充足的冷藏设施，以抑制微生物的繁殖和保障卤肉制品的卫生、风味和营养；
5、对生产和包装车间的环境应连续消毒，以提高卤菜车间空气的卫生质量，防止空气对卤肉制品造成二次污染
有关专家指出，提高加工车间和销售场所内空气的卫生质量，可有效提高酱卤肉制品的卫生质量。经高温煮制的卤肉制品中的微生物基本被杀灭，但在较短的时间内还会腐败变质，一个重要原因就是卤肉制品与车间内的空气接触时，车间空气中含有较多的细菌等微生物会附着在食品表面，继而导致卤肉制品变质，引发食物中毒。